分类
生物

非发酵菌

非发酵菌(nonfermenters)是指一群不利用或仅以氧化形式利用糖类的革兰阴性无芽胞杆菌[1]。

分类
生物

细菌分类表

本表以LPSN网站的分类为基础(当前版本2008年1月7日),本分类代表原核生物分类的权威杂志IJSEM的分类系统,同时参考NCBI Taxonomy,但目前其它中文维基分类表可能依照其它标准,请注意其区别。

中文名称采用惯例(包括网上搜索途径)以及拉丁名直接意译,部分参考《细菌名称》第二版,拉丁文意译参考原核生物名称(英文)网站。翻译问题欢迎在原文中添加或者在讨论页中提出。

本表列到属级。 后面带*者为尚未被IJSEM杂志确认的分类。

参见:细菌。

目录
1 酸杆菌门(Acidobacteria)
1.1 酸杆菌纲(Acidobacteria)
1.2 全噬菌纲(Holophagae)
2 放线菌门(Actinobacteria)(高G+C革兰氏阳性菌)
2.1 放线菌纲(Actinobacteria)
3 产水菌门(Aquificae)
3.1 产水菌纲(Aquificae)
4 拟杆菌门(Bacteroidetes)
4.1 拟杆菌纲(Bacteroidetes)
4.2 黄杆菌纲(Flavobacteria)
4.3 鞘脂杆菌纲(Sphingobacteria)
4.4 纲未定
5 衣原体门(Chlamydiae)
5.1 衣原体纲(Chlamydiae)
6 绿菌门(Chlorobi)
6.1 绿菌纲(Chlorobia)
7 绿弯菌门(Chloroflexi)
7.1 厌氧绳菌纲(Anaerolineae)
7.2 暖绳菌纲(Caldilineae)
7.3 绿弯菌纲(Chloroflexi)
8 产金菌门(Chrysiogenetes)
8.1 产金菌纲(Chrysiogenetes)
9 蓝藻门(Cyanobacteria)
9.1 蓝藻纲(Cyanobacteria)
10 脱铁杆菌门(Deferribacteres)
10.1 脱铁杆菌纲(Deferribacteres)
11 异常球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus)
11.1 异常球菌纲(Deinococci)
12 网团菌门(Dictyoglomi)
12.1 网团菌纲(Dictyoglomi)
13 纤维杆菌门(Fibrobacteres)
13.1 纤维杆菌纲(Fibrobacteres)
14 厚壁菌门(Firmicutes)(低G+C革兰氏阳性菌)
14.1 芽孢杆菌纲(Bacilli)
14.2 梭菌纲(Clostridia)
14.3 热石杆菌纲(Thermolithobacteria)
15 梭杆菌门(Fusobacteria)
15.1 梭杆菌纲(Fusobacteria)
16 芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)
16.1 芽单胞菌纲(Gemmatimonadetes)
17 黏胶球形菌门(Lentisphaerae)
17.1 黏胶球形菌纲(Lentisphaerae)
18 硝化螺旋菌门(Nitrospirae)
18.1 硝化螺旋菌纲(Nitrospira)
19 浮霉菌门(Planctomycetes)
19.1 浮霉菌纲(Planctomycetacia)
20 海绵杆菌门(Poribacteria)*
21 变形菌门(Proteobacteria)
21.1 α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)
21.2 β-变形菌纲(Betaproteobacteria)
21.3 δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)
21.4 ε-变形菌纲(Epsilonproteobacteria)
21.5 γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)
22 螺旋体门(Spirochaetes)
22.1 螺旋体纲(Spirochaetes)
23 柔膜菌门(Tenericutes)
23.1 柔膜菌纲(Mollicutes)
24 热脱硫杆菌门(Thermodesulfobacteria)
24.1 热脱硫杆菌纲(Thermodesulfobacteria)
25 热微菌门(Thermomicrobia)
25.1 热微菌纲(Thermomicrobia)
26 热袍菌门(Thermotogae)
26.1 热袍菌纲(Thermotogae)
27 疣微菌门(Verrucomicrobia)
27.1 丰祐菌纲(Opitutae)
27.2 疣微菌纲(Verrucomicrobiae)
28 门未定
28.1 纤线杆菌纲(Ktedonobacteria)
29 注释
酸杆菌门(Acidobacteria)
酸杆菌纲(Acidobacteria)
酸杆菌目(Acidobacteriales)
酸杆菌科(Acidobacteriaceae)
酸杆菌属(Acidobacterium)
土壤杆菌属(Edaphobacter)[1]
(Terriglobus)
全噬菌纲(Holophagae)
石鳖杆菌目(Acanthopleuribacterales)
石鳖杆菌科(Acanthopleuribacteraceae)
石鳖杆菌属(Acanthopleuribacter)
全噬菌目(Holophagales)
全噬菌科(Holophagaceae)
地发菌属(Geothrix)
全噬菌属(Holophaga)
放线菌门(Actinobacteria)(高G+C革兰氏阳性菌)
放线菌纲(Actinobacteria)
酸微菌亚纲(Acidimicrobidae)
酸微菌目(Acidimicrobiales)
酸微菌亚目(Acidimicrobineae)
酸微菌科(Acidimicrobiaceae)
酸微菌属(Acidimicrobium)
(Iamiaceae)
(Iamia)
放线菌亚纲(Actinobacteridae)
放线菌目(Actinomycetales)
放线菌亚目(Actinomycineae)
放线菌科(Actinomycetaceae)
放线棒菌属(Actinobaculum)
放线菌属(Actinomyces)
隐秘杆菌属(Arcanobacterium)
(Falcivibrio)
动弯杆菌属(Mobiluncus)
(Varibaculum)
(Actinopolysporineae)
(Actinopolysporaceae)
(Actinopolyspora)
(Catenulisporineae)
(Actinospicaceae)
(Actinospica)
(Catenulisporaceae)
(Catenulispora)
棒杆菌亚目(Corynebacterineae)
棒杆菌科(Corynebacteriaceae)
(Bacterionema)
(Caseobacter)
棒杆菌属(Corynebacterium)
(Turicella)
迪茨氏菌科(Dietziaceae)
迪茨氏菌属(Dietzia)
分枝杆菌科(Mycobacteriaceae)
分枝杆菌属(Mycobacterium) (含结核杆菌)
诺卡氏菌科(Nocardiaceae)
戈登氏菌属(Gordonia)
(Micropolyspora)
(Millisia)
诺卡氏菌属(Nocardia)
红球菌属(Rhodococcus)
斯科曼氏菌属(Skermania)
(Williamsia)
(Smaragdicoccus)
(Segniliparaceae)
(Segniliparus)
束村氏菌科(Tsukamurellaceae)
束村氏菌属(Tsukamurella)
弗兰克氏菌亚目(Frankineae)
酸热菌科(Acidothermaceae)
酸热菌属(Acidothermus)
弗兰克氏菌科(Frankiaceae)
弗兰克氏菌属(Frankia)
地嗜皮菌科(Geodermatophilaceae)
芽球菌属(Blastococcus)
地嗜皮菌属(Geodermatophilus)
(Modestobacter)
(Kineosporiaceae)
(Cryptosporangium)
(Kineococcus)
(Kineosporia)
(Nakamurellaceae)
(Humicoccus)
(Nakamurella)
(Quadrisphaera)
孢鱼菌科(Sporichthyaceae)
孢鱼菌属(Sporichthya)
糖霉菌亚目(Glycomycineae)
糖霉菌科(Glycomycetaceae)
糖霉菌属(Glycomyces)
(Stackerbrandtia)
微球菌亚目(Micrococcineae)
获山氏菌科(Beutenbergiaceae)
获山氏菌属(Beutenbergia)
乔治菌属(Georgenia)
萨勒河菌属(Salana)
博戈里亚湖菌科(Bogoriellaceae)
博戈里亚湖菌属(Bogoriella)
短杆菌科(Brevibacteriaceae)
短杆菌属(Brevibacterium)
纤维素单胞菌科(Cellulomonadaceae)
纤维素单胞菌属(Cellulomonas)
厄氏菌属(Oerskovia)
(Tropheryma)
(Dermabacteraceae)
(Brachybacterium)
(Dermabacter)
(Dermacoccaceae)
(Demetria)
(Dermacoccus)
(Kytococcus)
(Dermatophilaceae)
(Dermatophilus)
(Kineosphaera)
(Intrasporangiaceae)
(Arsenicicoccus)
(Humihabitans)
(Intrasporangium)
(Janibacter)
(Knoellia)
(Kribbia)
(Lapillicoccus)
(Ornithinicoccus)
(Ornithinimicrobium)
(Oryzihumus)
(Serinicoccus)
(Terrabacter)
(Terracoccus)
(Tetrasphaera)
(Jonesiaceae)
(Jonesia)
(Microbacteriaceae)
(Agreia)
(Agrococcus)
(Agromyces)
(Aureobacterium)
(Clavibacter)
(Cryobacterium)
(Curtobacterium)
(Frigoribacterium)
(Frondicola)
(Gulosibacter)
(Labedella)
(Leifsonia)
(Leucobacter)
(Microbacterium)
(Microcella)
(Mycetocola)
(Okibacterium)
(Plantibacter)
(Pseudoclavibacter)
(Rathayibacter)
(Rhodoglobus)
(Salinibacterium)
(Subtercola)
(Yonghaparkia)
(Zimmermannella)
微球菌科(Micrococcaceae)
(Acaricomes)
节杆菌属(Arthrobacter)
(Citricoccus)
(Kocuria)
微球菌属(Micrococcus)
(Nesterenkonia)
(Renibacterium)
罗氏菌属(Rothia)
口腔球菌属(Stomatococcus)
刘志恒菌属(Zhihengliuella)
(Promicromonosporaceae)
(Cellulosimicrobium)
(Isoptericola)
(Myceligenerans)
(Promicromonospora)
(Xylanibacterium)
(Xylanimonas)
(Rarobacteraceae)
(Rarobacter)
(Sanguibacteraceae)
血杆菌属(Sanguibacter)
(Yaniaceae)
(Yania)
科未定
(Actinotalea)
(Demequina)
(Phycicoccus)
(Ruania)
微单孢菌亚目(Micromonosporineae)
微单孢菌科(Micromonosporaceae)
(Actinocatenispora)
(Actinoplanes)
(Amorphosporangium)
(Ampullariella)
(Asanoa)
(Catellatospora)
(Catenuloplanes)
(Couchiolanes)
(Dactylosporangium)
(Krasilnikovia)
(Longispora)
(Luedemannella)
微单孢菌属(Micromonospora)
(Pilimelia)
(Planopolyspora)
(Polymorphospora)
(Salinispora)
(Spirilliplanes)
(Verrucosispora)
(Virgisporangium)
丙酸杆菌亚目(Propionibacterineae)
(Nocardioidaceae)
(Actinopolymorpha)
(Aeromicrobium)
(Friedmanniella)
(Hongia)
(Kribbella)
(Marmoricola)
(Micropruina)
(Nocardioides)
(Pimelobacter)
(Propionicicella)
(Propionicimonas)
丙酸杆菌科(Propionibacteriaceae)
河口微菌属(Aestuariimicrobium)
(Arachnia)
(Brooklawnia)
(Granulicoccus)
江氏菌属(Jiangella)
(Luteococcus)
(Microlunatus)
丙酸杆菌属(Propionibacterium)
(Propioniferax)
(Propionimicrobium)
(Tessaracocccus)
(Pseudonocardineae)
(Actinosynnemataceae)
(Actinokineospora)
(Actinosynnema)
(Lechevalieria)
(Lentzea)
(Saccharothrix)
(Umezawaea)
(Pseudonocardiaceae)
(Actinoalloteichus)
(Actinobispora)
(Amycolata)
(Amycolatopsis)
(Crossiella)
(Faenia)
(Goodfellowia)
(Kibdelosporangium)
(Kutzneria)
(Prauserella)
(Pseudoamycolata)
(Pseudonocardia)
(Saccharomonospora)
(Saccharopolyspora)
(Streptoalloteichus)
(Thermobispora)
(Thermocrispum)
链霉菌亚目(Streptomycineae)
链霉菌科(Sterptomycetaceae)
(Actinopycnidium)
(Actinosporangium)
(Chainia)
(Elytrosporangium)
北里菌属(Kitasatoa)
北里孢菌属(Kitasatospora)
(Microellobosporia)
(Streptacidiphilus)
链霉菌属(Streptomyces)
(Streptoverticillium)
(Streptosporangineae)
(Nocardiopsaceae)
(Nocardiopsis)
(Streptomonospora)
(Thermobifida)
(Streptosporangiaceae)
(Acrocarpospora)
(Herbidospora)
(Microbispora)
(Microtetraspora)
(Nonomuraea)
(Planobispora)
(Planomonospora)
(Planotetraspora)
(Sphaerisporangium)
(Streptosporangium)
(Thermopolyspora)
(Thermomonosporaceae)
珊瑚状放线菌属(Actinocorallia)
(Actinomadura)
(Excellospora)
(Spirillospora)
(Thermomonospora)
双歧杆菌目(Bifidobacteriales)
双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)
(Aeriscardovia)
(Alloscardovia)
双歧杆菌属(Bifidobacterium)
(Gardnerella)
(Metascardovia)
(Parascardovia)
(Scardovia)
科未定
(Coriobacteridae)
(Coriobacteriales)
(Coriobacterineae)
(Coriobacteriaceae)
奇异菌属(Atopobium)
(Collinsella)
(Coriobacterium)
(Cryptobacterium)
(Denitrobacterium)
(Eggerthella)
(Olsenella)
(Slackia)
红色杆菌亚纲(Rubrobacteridae)
红色杆菌目(Rubrobacterales)
红色杆菌亚目(Rubrobacterineae)
(Conexibacteraceae)
(Conexibacter)
(Patulibacteraceae)
(Patulibacter)
红色杆菌科(Rubrobacteraceae)
红色杆菌属(Rubrobacter)
(Solirubrobacteraceae)
(Solirubrobacter)
(Thermoleophilaceae)
(Thermoleophilum)
球形杆菌亚纲(Sphaerobacteridae)
球形杆菌目(Sphaerobacterales)
球形杆菌亚目(Sphaerobacterineae)
球形杆菌科(Sphaerobacteraceae)
球形杆菌属(Sphaerobacter)
产水菌门(Aquificae)
产水菌纲(Aquificae)
产水菌目(Aquificales)
产水菌科(Aquificaceae)
产水菌属(Aquifex)
(Calderobacterium)
(Hydrogenivirga)
(Hydrogenobacter)
(Hydrogenobaculum)
(Thermocrinis)
除硫杆菌科(Desulfurobacteriaceae)
(Balnearium)
除硫杆菌属(Desulfurobacterium)
热弧菌属(Thermovibrio)
(Hydrogenothermaceae)
(Hydrogenothermus)
(Persephonella)
(Sulfurihydrogenibium)
拟杆菌门(Bacteroidetes)
拟杆菌纲(Bacteroidetes)
拟杆菌目(Bacteroidales)
拟杆菌科(Bacteroidaceae)
(Acetomicrobium)
(Anaerophaga)
(Anaerorhabdus)
拟杆菌属(Bacteroides)
(Pontibacter)
紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)
(Barnesiella)
(Capsularis)
(Dysgonomonas)
(Hallella)
(Odoribacter)
(Oribaculum)
(Paludibacter)
(Parabacteroides)
紫单胞菌属(Porphyromonas) (多译作“卟啉单胞菌”,但porphyro-应来源于希腊语“紫色”)
(Proteiniphilum)
(Tannerella)
(Xylanibacter)
普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)
普雷沃氏菌属(Prevotella) (或译作“普氏菌”)
理研菌科(Rikenellaceae)
(Alistipes)
(Alkaliflexus)
(Marinilabilia)
(Petrimonas)
理研菌属(Rikenella) (注:Riken是日语“理化学研究所”简称)
科未定
(Acetofilamentum)
(Acetothermus)
黄杆菌纲(Flavobacteria)
黄杆菌目(Flavobacteriales)
蟑螂杆状体科(Blattabacteriaceae)
蟑螂杆状体属(Blattabacterium)
(Cryomorphaceae)
(Algoriphagus)
(Brumimicrobium)
(Crocinitomix)
(Cryomorpha)
(Fluviicola)
李时珍菌属(Lishizhenia)
(Owenweeksia)
黄杆菌科(Flavobacteriaceae)
(Actibacter)
(Aequorivita)
(Algibacter)
(Aquimarina)
(Arenibacter)
伯杰菌属(Bergeyella)
(Bizionia)
碳酸噬胞菌属(Capnocytophaga) (注:多译作“二氧化碳噬纤维菌属”)
噬纤维素菌属(Cellulophaga)
金黄杆菌属(Chryseobacterium)
(Cloacibacterium)
(Coenonia)
(Costertonia)
(Croceibacter)
独岛菌属(Dokdonia)
东海菌属(Donghaeana)
(Elizabethkingia)
(Empedobacter)
(Epilithonimonas)
(Flaviramulus)
黄杆菌属(Flavobacterium)
(Formosa)
泥滩杆菌属(Gaetbulibacter)
泥滩微菌属(Gaetbulimicrobium)
(Galbibacter)
(Gelidibacter)
(Gillisia)
(Gilvibacter)
革兰菌属(Gramella)
(Kaistella)
(Kordia)
(Krokinobacter)
(Lacinutrix)
列文虎克菌属(Leeuwenhoekiella)
(Lutibacter)
(Maribacter)
(Mariniflexile)
(Marixanthomonas)
(Mesonia)
(Muricauda)
(Myroides)
(Nonlabens)
(Olleya)
(Ornithobacterium)
(Persicivirga)
(Pibocella)
极地杆菌属(Polaribacter)
冷弯菌属(Psychroflexus)
(Psychroserpens)
(Riemerella)
(Robiginitalea)
(Salegentibacter)
(Sandarakinotalea)
(Sediminibacter)
(Sediminicola)
世宗菌属(Sejongia)
(Stanierella)
(Stenothermobacter)
(Subsaxibacter)
(Subsaximicrobium)
(Tamlana)
(Tenacibaculum)
(Ulvibacter)
(Vitellibacter)
(Wautersiella)
(Weeksella)
(Winogradskyella)
丽水菌属(Yeosuana)
(Zeaxanthinibacter)
周氏菌属(Zhouia)
(Zobellia)
王祖农菌属(Zunongwangia)
鞘脂杆菌纲(Sphingobacteria)
鞘脂杆菌目(Sphingobacteriales)
泉发菌科(Crenotrichaceae)
(Balneola)
(Chitinophaga)
泉发菌属(Crenothrix)
(Rhodothermus)
(Salinibacter)
(Terrimonas)
(Toxothrix)
(Flammeovirgaceae)
(Flammeovirga)
(Flexithrix)
(Perexilibacter)
(Persicobacter)
(Rapidithrix)
(Sediminitomix)
(Thermonema)
屈挠杆菌科(Flexibacteraceae)
(Adhaeribacter)
(Aquiflexum)
(Arcicella)
(Belliella)
(Chimaereicella)
(Cyclobacterium)
噬胞菌属(Cytophaga) (注:目前多称此属为“噬纤维菌属”,此处依拉丁文)
(Dyadobacter)
(Echinicola)
(Effluviibacter)
(Emticicia)
(Fabibacter)
(Flectobacillus)
屈挠杆菌属(Flexibacter)
(Hongiella)
(Hymenobacter)
(Larkinella)
(Leadbetterella)
(Marinicola)
(Meniscus)
(Microscilla)
(Niastella)
(Persicitalea)
(Reichenbachiella)
(Rhodonellum)
(Roseivirga)
(Runella)
(Spirosoma)
生孢噬胞菌属(Sporocytophaga)
腐螺旋菌科(Saprospiraceae)
(Aureispira)
(Haliscomenobacter)
(Lewinella)
腐螺旋菌属(Saprospira)
鞘脂杆菌科(Sphingobacteriaceae)
(Mucilaginibacter)
(Olivibacter)
(Parapedobacter)
(Pedobacter)
(Pseudosphingobacterium)
鞘脂杆菌属(Sphingobacterium)
科未定
(Niabella)
纲未定
(Flavisolibacter)
(Fulvivirga)
(Prolixibacter)
(Segetibacter)
衣原体门(Chlamydiae)
衣原体纲(Chlamydiae)
衣原体目(Chlamydiales)
衣原体科(Chlamydiaceae)
衣原体属(Chlamydia)
嗜衣体属(Chlamydophila)
副衣原体科(Parachlamydiaceae)
新衣原体属(Neochlamydia)
副衣原体属(Parachlamydia)
芯卡体科(Simkaniaceae)
芯卡体属(Simkania) (注:人名缩写简称,此处用音译)
棍衣原体属(Rhabdochlamydia)*
华诊体科(Waddliaceae)
华诊体属(Waddlia) (注:WADDL为“华盛顿动物病诊断实验室”缩写)
绿菌门(Chlorobi)
绿菌纲(Chlorobia)
绿菌目(Chlorobiales)
绿菌科(Chlorobiaceae)
臂绿菌属(Ancalochloris)
绿棒菌属(Chlorobaculum)
绿菌属(Chlorobium)
绿爬菌属(Chloroherpeton)
暗网菌属(Pelodictyon)
突柄绿菌属(Prosthecochloris)
绿弯菌门(Chloroflexi)
厌氧绳菌纲(Anaerolineae)
厌氧绳菌目(Anaerolineales)
厌氧绳菌科(Anaerolineaceae)
厌氧绳菌属(Anaerolinea)
(Bellilinea)
纤绳菌属(Leptolinea)
(Levilinea)
长绳菌属(Longilinea)
暖绳菌纲(Caldilineae)
暖绳菌目(Caldilineales)
暖绳菌科(Caldilineaceae)
暖绳菌属(Caldilinea)
绿弯菌纲(Chloroflexi)
绿弯菌目(Chloroflexales)
绿弯菌科(Chloroflexaceae)
绿弯菌属(Chloroflexus)
绿线菌属(Chloronema)
太阳发菌属(Heliothrix)
玫瑰弯菌属(Roseiflexus)
颤绿菌科(Oscillochloridaceae)
颤绿菌属(Oscillochloris)
爬管菌目(Herpetosiphonales)
爬管菌科(Herpetosiphonaceae)
爬管菌属(Herpetosiphon)
产金菌门(Chrysiogenetes)
产金菌纲(Chrysiogenetes)
产金菌目(Chrysiogenales)
产金菌科(Chrysiogenaceae)
产金菌属(Chrysiogenes)
蓝藻门(Cyanobacteria)
蓝藻纲(Cyanobacteria)
注:目前有三套蓝藻分类系统,分别为NCBI、Bergey’s手册及Cavalier-Smith(2002年,仅分至目)。

本文采用的Bergey’s手册中蓝藻内的分类,不论目科属,均为形态分类,其中目在手册中为“Subsection”而非“Order”,目、科均未列名称,此处目名称为习惯用法,科不列名称;属除Halospirulina和Trichodesmium之外均标为“形态属”(Form Genus)而非“属”(Genus)。表中在形态分类后面加注”@”。预料不久的将来整个蓝藻分类系统将会大调,与其它细菌统一为系统发育分类系统。

此外,因汉语“藻”字可指多种水生光合产氧生物,包括多支互不相关的原生生物甚至高等水生植物,此处仍用按照“藻”翻译蓝藻门(Cyanobacteria)细菌。但也可依据个人理念将名称定为“某菌”或“某蓝菌”,但应注意避免与其余细菌重名。

第一目(色球藻目(Chroococcales))@
第一科@
管孢藻属(Chamaesiphon)@
色球藻属(Chroococcus)@
(Cyanobacterium)@
(Cyanobium)@
(Cyanothece)@
蓝纤维藻属(Dactylococcopsis)@
(Gloeobacter)@
黏球藻属(Gloeocapsa)@
黏杆藻属(Gloeothece)@
微囊藻属(Microcystis)@
原绿球藻属(Prochlorococcus)@
原绿藻属(Prochloron)@
聚球藻属(Synechococcus)@
集胞藻属(Synechocystis)@
第二目(宽球藻目(Pleurocapsales))@
第一科@
(Cyanocystis)@
(Dermocarpella)@
(Stanieria)@
异球藻属(Xenococcus)@
第二科@
拟色球藻属(Chroococcidiopsis)@
黏囊藻属(Myxosarcina)@
宽球藻属(Pleurocapsa)@
第三目(颤藻目(Oscillatoriales))@
第一科@
节螺藻属(Arthrospira)@ (包含商业化螺旋藻)
(Borzia)@
(Crinalium)@
(Geitlerinema)@
盐螺旋藻属(Halospirulina)
(Leptolyngbya)@
(Limnothrix)@
鞘丝藻属(Lyngbya)@
微鞘藻属(Microcoleus)@
颤藻属(Oscillatoria)@
(Planktothrix)@
原绿发藻属(Prochlorothrix)@
(Pseudanabaena)@
螺旋藻属(Spirulina)@
(Starria)@
束藻属(Symploca)@
束毛藻属(Trichodesmium)
(Tychonema)@
第四目(念珠藻目(Nostocales))@
第一科@
鱼腥藻属(Anabaena)@
项圈藻属(Anabaenopsis)@
束丝藻属(Aphanizomenon)@
(Cyanospira)@
(Cylindrospermopsis)@
筒孢藻属(Cylindrospermum)@
节球藻属(Nodularia)@
念珠藻属(Nostoc)@
伪枝藻属(Scytonema)@
第二科@
眉藻属(Calothrix)@
胶须藻属(Rivularia)@
单歧藻属(Tolypothrix)@
第五目(真枝藻目(Stigonematales))@
第一科@
(Chlorogloeopsis)@
费氏藻属(Fischerella)@
(Geitleria)@
(Iyengariella)@
拟念珠藻属(Nostochopsis)@
真枝藻属(Stigonema)@
脱铁杆菌门(Deferribacteres)
脱铁杆菌纲(Deferribacteres)
脱铁杆菌目(Deferribacterales)
脱铁杆菌科(Deferribacteraceae)
脱铁杆菌属(Deferribacter)
(Denitrovibrio)
(Flexistipes)
地弧菌属(Geovibrio)
(Mucispirillum)
科未定
暖发菌属(Caldithrix)
(Synergistes)
异常球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus)
异常球菌纲(Deinococci)
异常球菌目(Deinococcales)
异常球菌科(Deinococcaceae)
异常杆菌属(Deinobacter)
异常球菌属(Deinococcus)
特吕珀菌科(Trueperaceae)
特吕珀菌属(Truepera)
栖热菌目(Thermales)
栖热菌科(Thermaceae)
海栖热菌属(Marinithermus)
亚栖热菌属(Meiothermus)
海洋栖热菌属(Oceanithermus)
栖热菌属(Thermus)
火山栖热菌属(Vulcanithermus)
网团菌门(Dictyoglomi)
网团菌纲(Dictyoglomi)
网团菌目(Dictyoglomales)
网团菌科(Dictyoglomaceae)
网团菌属(Dictyoglomus)
纤维杆菌门(Fibrobacteres)
纤维杆菌纲(Fibrobacteres)
纤维杆菌目(Fibrobacterales)
纤维杆菌科(Fibrobacteraceae)
纤维杆菌属(Fibrobacter)
厚壁菌门(Firmicutes)(低G+C革兰氏阳性菌)
芽孢杆菌纲(Bacilli)
芽孢杆菌目(Bacillales)
(Alicyclobacillaceae)
(Alicyclobacillus)
(Pasteuria)
(Sulfobacillus)
芽孢杆菌科(Bacillaceae)
(Alkalibacillus)
(Amphibacillus)
(Anoxybacillus)
芽孢杆菌属(Bacillus)
(Caldalkalibacillus)
(Cerasibacillus)
(Exiguobacterium)
(Filobacillus)
(Geobacillus)
(Gracilibacillus)
(Halalkalibacillus)
(Halobacillus)
(Haloactibacillus)
(Jeotgalibacillus)
(Lentibacillus)
(Lysinibacillus)
(Marinibacillus)
(Oceanobacillus)
(Ornithinibacillus)
(Paraliobacillus)
(Paucisalibacillus)
(Pelagibacillus)
(Piscibacillus)
(Pontibacillus)
糖球菌属(Saccharococcus)
(Salibacillus)
(Salimicrobium)
(Salinibacillus)
(Salirhabdus)
(Sasuginibacillus)
(Tenuibacillus)
(Terribacillus)
(Thalassobacillus)
(Ureibacillus)
(Virgibacillus)
(Vulcanibacillus)
(Caryophanaceae)
(Caryophanon)
李斯特氏菌科(Listeriaceae)
环丝菌属(Brochothrix)
李斯特氏菌属(Listeria)
(Paenibacillaceae)
(Ammoniphilus)
(Aneurinibacillus)
(Brevibacillus)
(Cohnella)
(Oxalophagus)
(Paenibacillus)
(Thermicanus)
(Thermobacillus)
(Planococcaceae)
(Filibacter)
(Kurthia)
(Planococcus)
(Planomicrobium)
(Sporosarcina)
芽孢乳杆菌科(Sporolactobacillaceae)
(Marinococcus)
(Sinococcus)
芽孢乳杆菌属(Sporolactobacillus)
(Tuberibacillus)
葡萄球菌科(Staphylococcaceae)
孪生菌属(Gemella)
(Joetgalicoccus)
(Macrococcus)
(Salinicoccus)
葡萄球菌属(Staphylococcus)
(Thermoactinomycetaceae)
(Laceyella)
(Mechercharimyces)
(Planifilum)
(Seinonella)
(Shimazuella)
(Thermoactinomyces)
(Thermoflavimicrobium)
(Turicibacteraceae)
(Turicibacter)
科未定
(Pullulanibacillus)
乳杆菌目(Lactobacillales)
气球菌科(Aerococcaceae)
(Abiotrophia)
气球菌属(Aerococcus)
(Dolosicoccus)
(Eremococcus)
(Facklamia)
(Globicatella)
(Ignavigranum)
肉杆菌科(Carnobacteriaceae)
(Agitococcus)
(Alkalibacterium)
(Allofustis)
(Alloiococcus)
(Atopococcus)
(Atopostipes)
肉杆菌属(Carnobacterium)
德库菌属(Desemzia) (DSMZ,德国微生物与细胞保藏中心)
(Dolosigranulum)
(Granulicatella)
(Isobaculum)
(Lactosphaera)
(Marinilactibacillus)
(Trichococcus)
肠球菌科(Enterococcaceae)
(Atopobacter)
(Catellicoccus)
肠球菌属(Enterococcus)
(Melissococcus)
(Pilibacter)
(Tetragenococcus)
漫游球菌属(Vagococcus)
乳杆菌科(Lactobacillaceae)
乳杆菌属(Lactobacillus)
(Paralactobacillus)
片球菌属(Pediococcus)
明串珠菌科(Leuconostocaceae)
明串珠菌属(Leuconostoc)
(Oenococcus)
(Weissella)
颤螺旋菌科(Oscillospiraceae)
颤杆菌克(Oscillibacter)
颤螺旋菌属(Oscillospira)
链球菌科(Streptococcaceae)
乳球菌属(Lactococcus)
(Lactovum)
链球菌属(Streptococcus)
科未定
(Acetoanaerobium)
互营球菌属(Syntrophococcus)
梭菌纲(Clostridia)
梭菌目(Clostridiales)
梭菌科(Clostridiaceae)
(Acetanaerobacterium)
(Acetivibrio)
(Acidaminobacter)
(Alkaliphilus)
(Anaerobacter)
(Anaerotruncus)
(Anoxynatronum)
(Bryantella)
(Caloramator)
(Caloranaerobacter)
(Caminicella)
(Clostridiisalibacter)
梭菌属(Clostridium)
(Coprobacillus)
(Dorea)
(Ethanoligenens)
(Faecalibacterium)
(Fastidiosipila)
(Garciella)
(Gracilibacter)
(Guggenheimella)
(Hespellia)
(Natronincola)
(Oxobacter)
(Parasporobacterium)
八叠球菌属(Sarcina)
(Soehngenia)
(Sporacetigenium)
(Sporobacter)
(Subdoligranulum)
(Tepidibacter)
(Tepidimicrobium)
(Thermobrachium)
(Thermohalobacter)
(Tindallia)
优杆菌科(Eubacteriaceae)
醋杆菌属(Acetobacterium)
(Alkalibacter)
(Anaerofustis)
(Anaerovorax)
优杆菌属(Eubacterium)
(Mogibacterium)
(Pseudoramibacter)
太阳杆菌科(Heliobacteriaceae)
太阳杆状菌属(Heliobacillus)
太阳杆菌属(Heliobacterium)
嗜日菌属(Heliophilum)
(Heliorestis)
毛螺旋菌科(Lachnospiraceae)
(Acetitomaculum)
(Anaerofilum)
(Anaerostipes)
丁酸弧菌属(Butyrivibrio)
(Catenibacterium)
(Catonella)
粪球菌属(Coprococcus)
(Johnsonella)
(Lachnobacterium)
毛螺旋菌属(Lachnospira)
(Moryella)
(Oribacterium)
假丁酸弧菌属(Pseudobutyrivibrio)
(Roseburia)
瘤胃球菌属(Ruminococcus)
(Shuttleworthia)
(Sporobacterium)
消化球菌科(Peptococcaceae)
(Carboxydothermus)
(Cryptanaerobacter)
(Dehalobacter)
(Desulfitobacterium)
(Desulfonispora)
(Desulfosporosinus)
(Desulfotomaculum)
(Pelotomaculum)
消化球菌属(Peptococcus)
(Syntrophobotulus)
(Thermincola)
(Thermoterrabacterium)
消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)
(Anaerococcus)
(Filifactor)
(Finegoldia)
(Fusibacter)
(Gallicola)
(Helcococcus)
微单胞菌属(Parvimonas) (原名Micromonas)
(Peptoniphilus)
消化链球菌属(Peptostreptococcus)
(Sedimentibacter)
(Sporanaerobacter)
(Tissierella)
互营单胞菌科(Syntrophomonadaceae)
(Aminiphilus)
(Aminobacterium)
(Aminomonas)
(Anaerobaculum)
(Anaerobranca)
(Caldicellulosiruptor)
(Carboxydocella)
(Dethiosulfovibrio)
(Pelospora)
互营单胞菌属(Syntrophomonas)
(Syntrophospora)
互营热菌属(Syntrophothermus)
(Thermaerobacter)
(Thermanaerovibrio)
(Thermohydrogenium)
(Thermosyntropha)
(Thermovirga)
韦荣氏菌科(Veillonellaceae)
(Acetonema)
氨基酸球菌属(Acidaminococcus)
(Allisonella)
(Anaeroarcus)
(Anaeroglobus)
(Anaeromusa)
(Anaerosinus)
(Anaerovibrio)
(Centipeda)
(Dendrosporobacter)
(Dialister)
(Megamonas)
(Megasphaera)
光冈菌属(Mitsuokella)
(Papillibacter)
(Pectinatus)
(Pelosinus)
(Phascolarctobacterium)
(Propionispira)
(Propionispora)
(Quinella)
(Schwartzia)
新月形单胞菌属(Selenomonas)
鼠孢菌属(Sporomusa)
(Sporotalea)
(Succiniclasticum)
(Succinispira)
(Thermosinus)
韦荣氏菌属(Veillonella)
(Zymophilus)
科未定
(Anaerovirgula)
(Dethiosulfatibacter)
(Geosporobacter)
(Howardella)
(Proteiniborus)
盐厌氧菌目(Halanaerobiales)
盐厌氧菌科(Halanaerobiaceae)
盐厌氧菌属(Halanaerobium)
(Halocella)
(Haloincola)
(Halothermothrix)
盐拟杆菌科(Halobacteroidaceae)
(Acetohalobium)
(Halanaerobacter)
盐拟杆菌属(Halobacteroides)
(Halonatronum)
(Natroniella)
(Orenia)
(Selenihalanaerobacter)
(Sporohalobacter)
盐碱厌氧菌目(Natranaerobiales)
盐碱厌氧菌科(Natranaerobiaceae)
盐碱厌氧菌属(Natranaerobius)
热厌氧杆菌目(Thermoanaerobacteriales)
热厌氧杆菌科(Thermoanaerobacteriaceae)
(Acetogenium)
(Ammonifex)
(Caldanaerobacter)
(Carboxydibrachium)
(Coprothermobacter)
(Desulfovirgula)
(Gelria)
(Mahella)
(Moorella)
(Sporotomaculum)
(Tepidanaerobacter)
(Thermacetogenium)
热厌氧单胞菌属(Thermanaeromonas)
(Thermoanaerobacter)
(Thermoanaerobium)
(Thermoanaerobacterium)
热厌氧菌属(Thermoanaerobium)
(Thermobacteroides)
(Thermosediminibacter)
(Thermovenabulum)
热脱硫菌科(Thermodesulfobiaceae)
热脱硫菌属(Thermodesulfobium)
目未定
(Desulfitibacter)
(Symbiobacterium)
热石杆菌纲(Thermolithobacteria)
热石杆菌目(Thermolithobacterales)
热石杆菌科(Thermolithobacteraceae)
热石杆菌属(Thermolithobacter)
梭杆菌门(Fusobacteria)
梭杆菌纲(Fusobacteria)
梭杆菌目(Fusobacteriales)
梭杆菌科(Fusobacteriaceae)
梭杆菌属(Fusobacterium)
(Ilyobacter)
纤毛菌属(Leptotrichia)
(Propionigenium)
(Sebaldella)
(Sneathia)
(Streptobacillus)
科未定
(Cetobacterium)
芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)
芽单胞菌纲(Gemmatimonadetes)
芽单胞菌目(Gemmatimonadales)
芽单胞菌科(Gemmatimonadaceae)
芽单胞菌属(Gemmatimonas)
黏胶球形菌门(Lentisphaerae)
黏胶球形菌纲(Lentisphaerae)
黏胶球形菌目(Lentisphaerales)
黏胶球形菌科(Lentisphaeraceae)
黏胶球形菌属(Lentisphaera)
食物谷菌目(Victivallales)
食物谷菌科(Victivallaceae)
食物谷菌属(Victivallis)
硝化螺旋菌门(Nitrospirae)
硝化螺旋菌纲(Nitrospira)
硝化螺旋菌目(Nitrospirales)
硝化螺旋菌科(Nitrospiraceae)
钩端螺菌属(Leptospirillum)
硝化螺旋菌属(Nitrospira)
磁杆菌属(Magnetobacterium)*
热脱硫弧菌属(Thermodesulfovibrio)
浮霉菌门(Planctomycetes)
浮霉菌纲(Planctomycetacia)
浮霉菌目(Planctomycetales)
浮霉菌科(Planctomycetaceae)
(Blastopirellula)
(Gemmata)
(Isosphaera)
小梨形菌属(Pirellula)
浮霉菌属(Planctomycetes)
红小梨形菌属(Rhodopirellula)
(Schlesneria)
科未定 (均未能分离培养,见厌氧氨氧化菌)
(Brocadia)*
(Kuenenia)*
(Scalindua)*
海绵杆菌门(Poribacteria)*
变形菌门(Proteobacteria)
α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)
柄杆菌目(Caulobacterales)
柄杆菌科(Caulobacteraceae)
(Asticcacaulis)
短波单胞菌属(Brevundimonas)
柄杆菌属(Caulobacter)
苯基杆菌属(Phenylobacterium)
(Kordiimonadales)
(Kordiimonadaceae)
(Kordiimonas)
短小盒菌目(Parvularculales)
短小盒菌科(Parvularculaceae)
短小盒菌属(Parvularcula)
根瘤菌目(Rhizobiales)
橙单胞菌科(Aurantimonadaceae)
橙单胞菌属(Aurantimonas)
(Fulvimarina)
(Martelella)
巴通体科(Bartonellaceae)
巴通体属(Bartonella)
(Grahamella)
(Rochalimaea)
拜叶林克氏菌科(Beijerinckiaceae)
拜叶林克氏菌属(Beijerinckia)
(Chelatococcus)
(Methylocapsa)
(Methylocella)
慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae)
阿菲波菌属(Afipia)
农单胞菌属(Agromonas)
(Balneimonas)
芽生杆菌属(Blastobacter)
(Bosea)
慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)
硝化杆菌属(Nitrobacter)
(Oligotropha)
(Rhodoblastus)
红假单胞菌属(Rhodopseudomonas)
布鲁氏菌科(Brucellaceae)
布鲁氏菌属(Brucella)
(Crabtreella)
(Daeguia)
支动菌属(Mycoplana)
苍白杆菌属(Ochrobactrum)
(Pseudochrobactrum)
黏着杆菌科(Cohaesibacteraceae)
黏着杆菌属(Cohaesibacter)
生丝微菌科(Hyphomicrobiaceae)
(Ancalomicrobium)
(Angulomicrobium)
水杆菌属(Aquabacter)
芽绿菌属(Blastochloris)
(Devosia)
(Dichotomicrobium)
(Filomicrobium)
(Gemmiger)
生丝微菌属(Hyphomicrobium)
(Methylorhabdus)
土微菌属(Pedomicrobium)
突柄微菌属(Prosthecomicrobium)
红微菌属(Rhodomicrobium)
(Rhodoplanes)
(Seliberia)
甲基杆菌科(Methylobacteriaceae)
(Meganema)
甲基杆菌属(Methylobacterium)
(Microvirga)
(Protomonas)
甲基孢囊菌科(Methylocystaceae)
(Albibacter)
甲基孢囊菌属(Methylocystis)
(Methylopila)
(Methylosinus)
(Pleomorphomonas)
(Terasakiella)
叶杆菌科(Phyllobacteriaceae)
(Aminobacter)
(Aquamicrobium)
(Defluvibacter)
(Hoeflea)
中慢生根瘤菌属(Mesorhizobium)
(Nitratireductor)
叶杆菌属(Phyllobacterium)
(Pseudaminobacter)
根瘤菌科(Rhizobiaceae)
土壤杆菌属(Agrobacterium)
异根瘤菌属(Allorhizobium)
嗜碳菌属(Carbophilus)
螯合杆菌属(Chelatobacter)
剑菌属(Ensifer)
(Kaistia)
韧皮杆菌属(Liberibacter)*
根瘤菌属(Rhizobium)
中华根瘤菌属(Sinorhizobium)
红菌科(Rhodobiaceae)
(Anderseniella)
(Parvibaculum)
红菌属(Rhodobium)
玫瑰螺菌属(Roseospirillum)
黄色杆菌科(Xanthobacteraceae)
(Ancylobacter)
(Azorhizobium)
(Labrys)
(Pseudolabrys)
(Starkeya)
黄色杆菌属(Xanthobacter)
科未定
(Sneathiella)
红杆菌目(Rhodobacterales)
生丝单胞菌科(Hyphomonadaceae)
(Hirschia)
生丝单胞菌属(Hyphomonas)
(Maricaulis)
(Oceanicaulis)
(Robiginitomaculum)
红杆菌科(Rhodobacteraceae)
(Ahrensia)
(Albidovulum)
(Amaricoccus)
(Antarctobacter)
(Catellibacterium)
(Citreicella)
(Citreimonas)
(Dinoroseobacter)
(Donghicola)
(Gemmobacter)
(Haematobacter)
(Jannaschia)
(Ketogulonicigenium)
(Labrenzia)
(Leisingera)
(Loktanella)
(Maribius)
(Marinovum)
(Maritimibacter)
(Methylarcula)
(Nereida)
(Nesiotobacter)
(Oceanibulbus)
海洋生菌属(Oceanicola)
(Octadecabacter)
(Palleronia)
(Pannonibacter)
副球菌属(Paracoccus)
(Pelagibaca)
(Phaeobacter)
假红杆菌属(Pseudorhodobacter)
(Pseudovibrio)
(Rhodobaca)
红杆菌属(Rhodobacter)
(Rhodothalassium)
小红卵菌属(Rhodovulum)
(Roseibacterium)
(Roseibium)
(Roseicyclus)
(Roseinatronobacter)
(Roseisalinus)
(Roseivivax)
玫瑰杆菌属(Roseobacter)
(Roseovarius)
(Rubellimicrobium)
(Rubrimonas)
(Ruegeria)
(Sagittula)
(Salipiger)
(Shimia)
(Silicibacter)
(Staleya)
(Stappia)
(Sulfitobacter)
(Tateyamaria)
(Thalassobacter)
(Thalassobius)
(Thalassococcus)
(Thioclava)
硫球形菌属(Thiosphaera)
(Wenxinia)
木洞菌属(Woodsholea)
杨氏菌属(Yangia)
红螺菌目(Rhodospirillales)
醋杆菌科(Acetobacteraceae)
醋杆菌属(Acetobacter)
(Acidicaldus)
嗜酸菌属(Acidiphilium)
酸球形菌属(Acidisphaera)
酸胞菌属(Acidocella)
酸单胞菌属(Acidomonas)
(Asaia)
(Belnapia)
脆弱球菌属(Craurococcus)
葡糖醋杆菌属(Gluconacetobacter)
葡糖杆菌属(Gluconobacter)
(Granulibacter)
驹形杆菌属(Komagataeibacter)
(Kozakia)
鼠球菌属(Muricoccus)
(Neoasaia)
(Paracraurococcus)
红球状菌属(Rhodopila)
(Rhodovarius)
玫瑰球菌属(Roseococcus)
玫瑰单胞菌属(Roseomonas)
(Rubritepida)
(Saccharibacter)
(Stella)
(Swaminathania)
(Teichococcus)
(Zavarzinia)
红螺菌科(Rhodospirillaceae)
固氮螺菌属(Azospirillum)
(Conglomeromonas)
(Defluviicoccus)
(Inquilinus)
磁螺菌属(Magnetospirillum)
(Phaeospirillum)
(Rhodocista)
红螺旋菌属(Rhodospira)
红螺菌属(Rhodospirillum)
红弧菌属(Rhodovibrio)
玫瑰螺旋菌属(Roseospira)
(Skermanella)
(Telmatospirillum)
(Thalassospira)
(Tistrella)
立克次体目(Rickettsiales)
无形体科(Anaplasmataceae)
(Aegyptianella)
无形体属(Anaplasma)
(Cowdria)
埃里希体属(Ehrlichia)
新立克次体属(Neorickettsia)
沃巴赫体属(Wolbachia)
(Xenohaliotis)*
全孢菌科(Holosporaceae)
全孢菌属(Holospora)
立克次体科(Rickettsiaceae)
(Orientia)
立克次体属(Rickettsia)
SAR 11群*
远洋杆菌属(Pelagibacter)*
科未定
(Lyticum)
(Odyssella)*
(Pseudocaedibacter)
(Symbiotes)
(Tectibacter)
鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)
赤杆菌科(Erythrobacteraceae)
(Altererythrobacter)
赤杆菌属(Erythrobacter)
赤微菌属(Erythromicrobium)
紫杆菌属(Porphyrobacter)
鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)
芽单胞菌属(Blastomonas)
柠檬酸微菌属(Citromicrobium)*
赤单胞菌属(Erythromonas)
新鞘脂菌属(Novosphingobium)
(Sandaracinobacter)
(Sandaracinorhabdus)
鞘脂菌属(Sphingobium)
鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)
(Sphingopyxis)
(Sphingosinicella)
发酵单胞菌属(Zymomonas)
目未定
(Albimonas)
(Caenispirillum)
(Insolitispirillum)
(Novispirillum)
β-变形菌纲(Betaproteobacteria)
伯克氏菌目(Burkholderiales)
产碱菌科(Alcaligenaceae)
无色杆菌属(Achromobacter)
(Advenella)
产碱菌属(Alcaligenes)
(Azohydromonas)
博德氏菌属(Bordetella)
(Brackiella)
(Castellaniela)
德克斯氏菌属(Derxia)
(Kerstersia)
(Oligella)
(Pelistega)
(Pigmentiphaga)
(Pusillimonas)
(Sutterella)
(Taylorella)
(Tetrathiobacter)
伯克氏菌科(Burkholderiaceae)
伯克氏菌属(Burkholderia)
(Chitinimonas)
(Cupriavidus)
(Lautropia)
(Limnobacter)
(Pandoraea)
(Paucimonas)
(Polynucleobacter)
青枯菌属(Ralstonia)
(Thermothrix)
沃特氏菌属(Wautersia)
丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)
食酸菌属(Acidovorax)
(Alcycliphilus)
(Brachymonas)
(Caenibacterium)
(Caldimonas)
丛毛单胞菌属(Comamonas)
(Curvibacter)
代尔夫特菌属(Delftia)
(Diaphorobacter)
(Giesbergeria)
噬氢菌属(Hydrogenophaga)
(Hylemonella)
(Lampropedia)
(Macromonas)
(Malikia)
(Ottowia)
(Pelomonas)
(Polaromonas)
(Ramlibacter)
红育菌属(Rhodoferax)
(Schlegelella)
(Simplicispira)
贪食菌属(Variovorax)
(Xenophilus)
草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)
(Collimonas)
(Duganella)
(Herbaspirillum)
(Herminiimonas)
(Janthinobacterium)
(Massilia)
(Naxibacter)
(Oxalicibacterium)
草酸杆菌属(Oxalobacter)
(Telluria)
(Undibacterium)
科未定
(Aquabacterium)
(Aquincola)
(Ideonella)
纤发菌属(Leptothrix)
(Methylibium)
(Mitsuaria)
(Paucibacter)
(Roseateles)
红长命菌属(Rubrivivax)
(Sphaerotilus)
(Tepidicella)
(Tepidimonas)
(Thiobacter)
硫单胞菌属(Thiomonas)
(Xylophilus)
嗜氢菌目(Hydrogenophilales)
嗜氢菌科(Hydrogenophilaceae)
嗜氢菌属(Hydrogenophilus)
(Petrobacter)
(Tepidiphilus)
硫杆状菌属(Thiobacillus)
嗜甲基菌目(Methylophilales)
嗜甲基菌科(Methylophilaceae)
(Methylobacillus)
嗜甲基菌属(Methylophilus)
(Methylotenera)
(Methylovorus)
奈瑟菌目(Neisseriales)
奈瑟菌科(Neisseriaceae)
(Alysiella)
(Andreprevotia)
水螺菌属(Aquaspirillum)
(Aquitalea)
(Bergeriella)
(Chitinibacter)
(Chitinilyticum)
色杆菌属(Chromobacterium)
(Conchiformibius)
(Deefgea)
艾肯氏菌属(Eikenella)
(Formivibrio)
(Gulbenkiania)
(Iodobacter)
金氏菌属(Kingella)
鸥杆菌属(Laribacter)
(Leeia)
(Microvirgula)
(Morococcus)
奈瑟菌属(Neisseria)
(Paludibacterium)
(Prolinoborus)
(Silvimonas)
(Simonsiella)
(Uruburuella)
(Vitreoscilla)
(Vogesella)
亚硝化单胞菌目(Nitrosomonadales)
嘉利翁氏菌科(Gallionellaceae)
嘉利翁氏菌属(Gallionella)
亚硝化单胞菌科(Nitrosomonadaceae)
亚硝化叶菌属(Nitrosolobus)
亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas)
亚硝化螺旋菌属(Nitrosospira)
螺菌科(Spirillaceae)
螺菌属(Spirillum)
普罗卡杆菌目(Procabacteriales)*
普罗卡杆菌科(Procabacteriaceae)*
普罗卡杆菌属(Procabacter)*
红环菌目(Rhodocyclales)
红环菌科(Rhodocyclaceae)
固氮弓菌属(Azoarcus)
(Azonexus)
(Azospira)
(Azovibrio)
(Dechloromonas)
(Dechlorosoma)
(Denitratisoma)
(Ferribacterium)
(Methyloversatilis)
丙酸杆菌属(Propionibacter)
(Propionivibrio)
(Quatrionicoccus)
红环菌属(Rhodocyclus)
(Shinella)
(Sterolibacterium)
陶厄氏菌属(Thauera)
(Uliginosibacterium)
动胶菌属(Zoogloea)
δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)
蛭弧菌目(Bdellovibrionales)
(Bacteriovoracaceae)
(Bacteriovorax)
(Peredibacter)
蛭弧菌科(Bdellovibrionaceae)
蛭弧菌属(Bdellovibrio)
(Micavibrio)
(Vampirovibrio)
脱硫盒菌目(Desulfarculales)
脱硫盒菌科(Desulfarculaceae)
脱硫盒菌属(Desulfarculus)
脱硫杆菌目(Desulfobacterales)
脱硫杆菌科(Desulfobacteraceae)
(Desulfatibacillum)
(Desulfatiferula)
(Desulfatirhabdium)
脱硫杆菌属(Desulfobacter)
(Desulfobacterium)
(Desulfobacula)
(Desulfobotulus)*
(Desulfocella)
(Desulfococcus)
(Desulfofaba)
(Desulfofrigus)
(Desulfomusa)
(Desulfonema)
(Desulforegula)
(Desulfosarcina)
(Desulfospira)
(Desulfotignum)
(Desulfobulbaceae)
(Desulfobulbus)
(Desulfocapsa)
(Desulfofustis)
(Desulfopila)
(Desulforhopalus)
(Desulfotalea)
(Nitrospinaceae)
(Nitrospina)
脱硫弧菌目(Desulfovibrionales)
(Desulfohalobiaceae)
(Desulfohalobium)
(Desulfonatronovibrio)
(Desulfonauticus)
(Desulfothermus)
(Desulfovermiculus)
(Desulfomicrobiaceae)
(Desulfomicrobium)
(Desulfonatronaceae)
(Desulfonatronum)
脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)
(Bilophila)
(Desulfomonas)
脱硫弧菌属(Desulfovibrio)
(Lawsonia)
硫还原菌目(Desulfurellales)
硫还原菌科(Desulfurellaceae)
硫还原菌属(Desulfurella)
(Hippea)
除硫单胞菌目(Desulfuromonadales)
除硫单胞菌科(Desulfuromonadaceae)
除硫单胞菌属(Desulfuromonas)
(Desulfuromusa)
(Malonomonas)
(Pelobacter)
地杆菌科(Geobacteraceae)
(Geoalkalibacter)
地杆菌属(Geobacter)
(Geopsychrobacter)
(Geothermobacter)
(Trichlorobacter)
黏球菌目(Myxococcales)
孢囊杆菌亚目(Cystobacterineae)
孢囊杆菌科(Cystobacteraceae)
(Anaeromyxobacter)
(Archangium)
孢囊杆菌属(Cystobacter)
(Hyalangium)
(Melittangium)
(Stigmatella)
黏球菌科(Myxococcaceae)
(Angiococcus)
(Corallococcus)
黏球菌属(Myxococcus)
(Pyxidicoccus)
侏囊菌亚目(Nannocystineae)
(Haliangiaceae)
(Haliangium)
(Kofleriaceae)
(Kofleria)
侏囊菌科(Nannocystaceae)
(Enhygromyxa)
侏囊菌属(Nannocystis)
(Plesiocystis)
堆囊菌亚目(Sorangineae)
多囊菌科(Polyangiaceae)
(Byssovorax)
(Chondromyces)
(Haploangium)*
(Jahnella)
多囊菌属(Polyangium)
堆囊菌属(Sorangium)
互营杆菌目(Syntrophobacterales)
互营菌科(Syntrophaceae)
(Desulfobacca)
(Desulfomonile)
(Smithella)
互营菌属(Syntrophus)
互营杆菌科(Syntrophobacteraceae)
(Desulfacinum)
(Desulfoglaeba)
(Desulforhabdus)
(Desulfovirga)
互营杆菌属(Syntrophobacter)
(Thermodesulforhabdus)
ε-变形菌纲(Epsilonproteobacteria)
弯曲菌目(Campylobacterales)
弯曲菌科(Campylobacteraceae)
弓形杆菌属(Arcobacter)
弯曲菌属(Campylobacter)
(Dehalospirillum)
硫螺旋菌属(Sulfurospirillum)
螺杆菌科(Helicobacteraceae)
螺杆菌属(Helicobacter)
(Sulfuricurvum)
(Sulfurimonas)
(Sulfurovum)
(Thiovulum)
沃林氏菌属(Wolinella)
氢单胞菌科(Hydrogenimonadaceae)
氢单胞菌属(Hydrogenimonas)
(Nautiliales)
(Nautiliaceae)
(Caminibacter)
(Lebetimonas)
(Nautilia)
(Nitratifractor)
(Nitratiruptor)
(Thioreductor)
γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)
酸硫杆状菌目(Acidithiobacillales)
酸硫杆状菌科(Acidithiobacillaceae)
酸硫杆状菌属(Acidithiobacillus)
热硫杆状菌科(Thermithiobacillaceae)
热硫杆状菌属(Thermithiobacillus)
气单胞菌目(Aeromonadales)
气单胞菌科(Aeromonadaceae)
气单胞菌属(Aeromonas)
(Oceanimonas)
(Oceanisphaera)
(Tolumonas)
(Zobellella)
琥珀酸弧菌科(Succinivibrionaceae)
厌氧螺菌属(Anaerobiospirillum)
反刍杆菌属(Ruminobacter)
琥珀酸单胞菌属(Succinimonas)
琥珀酸弧菌属(Succinivibrio)
交替单胞菌目(Alteromonadales)
交替单胞菌科(Alteromonadaceae)
(Aestuariibacter)
(Agarivorans)
(Alishewanella)
交替单胞菌属(Alteromonas)
(Glaciecola)
(Marinimicrobium)
海杆菌属(Marinobacter)
海细菌属(Marinobacterium)
产微球茎菌属(Microbulbifer)
(Saccharophagus)
(Salinimonas)
(Colwelliaceae)
(Colwellia)
(Thalassomonas)
(Ferrimonadaceae)
(Ferrimonas)
(Paraferrimonas)
(Idiomarinaceae)
(Idiomarina)
(Pseudidiomarina)
(Moritellaceae)
(Moritella)
假交替单胞菌科(Pseudoalteromonadaceae)
(Algicola)
假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)
冷单胞菌科(Psychromonadaceae)
冷单胞菌属(Psychromonas)
希万氏菌科(Shewanellaceae)
希万氏菌属(Shewanella)
科未定
(Teredinibacter)
(Endobugula)*
心杆菌目(Cardiobacteriales)
心杆菌科(Cardiobacteriaceae)
心杆菌属(Cardiobacterium)
(Dichelobacter)
(Suttonella)
着色菌目(Chromatiales)
着色菌科(Chromatiaceae)
(Allochromatium)
(Amoebobacter)
着色菌属(Chromatium)
盐着色菌属(Halochromatium)
(Isochromatium)
(Lamprobacter)
(Lamprocystis)
(Marichromatium)
亚硝化球菌属(Nitrosococcus)
芬尼氏菌属(Pfennigia)
棍着色菌属(Rhabdochromatium)
(Rheinheimera)
热着色菌属(Thermochromatium)
硫碱球菌属(Thioalkalicoccus)
硫橄榄菌属(Thiobaca)
硫匣菌属(Thiocapsa)
硫球菌属(Thiococcus)
硫囊菌属(Thiocystis)
硫网菌属(Thiodictyon)
硫黄球菌属(Thioflavicoccus)
硫盐匣菌属(Thiohalocapsa)
(Thiolamprovum)
(Thiopedia)
硫红球菌属(Thiorhodococcus)
硫红弧菌属(Thiorhodovibrio)
硫螺菌属(Thiospirillum)
外硫红螺旋菌科(Ectothiorhodospiraceae)
碱湖生菌属(Alkalilimnicola)
碱螺菌属(Alkalispirillum)
(Aquisalimonas)
(Arhodomonas)
(Ectothiorhodosinus)
外硫红螺旋菌属(Ectothiorhodospira)
盐红螺旋菌属(Halorhodospira)
(Natronocella)
硝化球菌属(Nitrococcus)
硫碱螺旋菌属(Thioalkalispira)
硫碱弧菌属(Thialkalivibrio)
硫红螺旋菌属(Thiorhodospira)
颗粒状球菌科(Granulosicoccaceae)
颗粒状球菌属(Granulosicoccus)
盐硫杆状菌科(Halothiobacillaceae)
盐硫杆状菌属(Halothiobacillus)
(Thiovirga)
肠杆菌目(Enterobacteriales)
肠杆菌科(Enterobacteriaceae)
(Arsenophonus)
(Brenneria)
布赫纳氏菌属(Buchnera)
(Budvicia)
布丘氏菌属(Buttiauxella)
(Calymmatobacterium)
西地西菌属(Cedecea)
柠檬酸杆菌属(Citrobacter)
(Dickeya)
爱德华氏菌属(Edwardsiella)
肠杆菌属(Enterobacter)
欧文氏菌属(Erwinia)
埃希氏菌属(Escherichia) (包含大肠杆菌)
(Ewingella)
哈夫尼菌属(Hafnia)
克雷伯氏菌属(Klebsiella)
克吕沃氏菌属(Kluyvera)
(Leclercia)
(Leminorella)
(Levinea)
(Moellerella)
(Morganella)
(Obesumbacterium)
泛菌属(Pantoea)
(Pectobacterium)
(Phlomobacter)*
(Photorhabdus)
邻单胞菌属(Plesiomonas)
(Pragia)
变形杆菌属(Proteus) (注:或译作“变形菌属”,此处把“变形菌”一词留给Proteobacteria)
普罗维登斯菌属(Providencia)
(Rahnella)
(Raoultella)
糖杆菌属(Saccharobacter)
沙门氏菌属(Salmonella)
(Samsonia)
沙雷氏菌属(Serratia)
志贺氏菌属(Shigella)
(Sodalis)
(Tatumella)
(Thorsellia)
(Trabulsiella)
(Wigglesworthia)
致病杆菌属(Xenorhabdus)
耶尔辛氏菌属(Yersinia) (包含鼠疫杆菌)
(Yokenella)
军团菌目(Legionellales)
柯克斯体科(Coxiellaceae)
(Aquicella)
柯克斯体属(Coxiella)
立克次小体属(Rickettsiella)
军团菌科(Legionellaceae)
(Fluoribacter)
军团菌属(Legionella)
(Sarcobium)
(Tatlockia)
甲基球菌目(Methylococcales)
甲基球菌科(Methylococcaceae)
甲基杆菌属(Methylobacter)
甲基暖菌属(Methylocaldum)
甲基球菌属(Methylococcus)
甲基盐菌属(Methylohalobius)
甲基微菌属(Methylomicrobium)
甲基单胞菌属(Methylomonas)
甲基八叠球菌属(Methylosarcina)
(Methylosoma)
甲基球形菌属(Methylosphaera)
甲基热菌属(Methylothermus)
海洋螺菌目(Oceanospirillales)
食碱菌科(Alcanivoraceae)
食碱菌属(Alcanivorax)
(Fundibacter)
(Kangiella)
河氏菌科(Hahellaceae)
(Endozoicomonas)
河氏菌属(Hahella)
(Halospina)
(Zooshikella)
盐单胞菌科(Halomonadaceae)
(Carnimonas)
色盐杆菌属(Chromohalobacter)
(Cobetia)
(Deleya)
盐单胞菌属(Halomonas)
(Halotalea)
(Halovibrio)
(Modicisalibacter)
(Salicola)
(Volcaniella)
发酵杆菌属(Zymobacter)
岸生菌科(Litoricolaceae)
岸生菌属(Litoricola)
海洋螺菌科(Oceanospirillaceae)
(Amphritea)
巴氏发菌属(Balneatrix)
海单胞菌属(Marinomonas)
海螺菌属(Marinospirillum)
(Neptuniibacter)
(Neptunomonas)
(Nitrincola)
海洋杆菌属(Oceanobacter)
海洋螺菌属(Oceanospirillum)
油螺旋菌属(Oleispira)
假螺菌属(Pseudospirillum)
(Reinekea)
(Thalassolituus)
嗜油菌科(Oleiphilaceae)
嗜油菌属(Oleiphilus)
糖螺菌科(Saccharospirillaceae)
糖螺菌属(Saccharospirillum)
巴斯德氏菌目(Pasteurellales)
巴斯德氏菌科(Pasteurellaceae)
放线杆菌属(Actinobacillus)
(Aggregatibacter)
(Avibacterium)
(Bibersteinia)
(Gallibacterium)
嗜血菌属(Haemophilus)
(Histophilus)
(Lonepinella)
(Mannheimia)
(Nicoletella)
巴斯德氏菌属(Pasteurella)
(Phocoenobacter)
(Volucribacter)
假单胞菌目(Pseudomonadales)
莫拉菌科(Moraxellaceae)
不动杆菌属(Acinetobacter)
(Alkanindiges)
布兰汉氏菌(Branhamella)
(Enhydrobacter)
莫拉菌属(Moraxella)
(Perlucidibaca)
冷杆菌属(Psychrobacter)
假单胞菌科(Pseudomonadaceae)
(Azomonas)
(Azomonotrichon)
(Azorhizophilus)
(Azotobacter)
纤维弧菌属(Cellvibrio)
(Chryseomonas)
(Flavimonas)
(Mesophilobacter)
假单胞菌属(Pseudomonas)
根瘤杆菌属(Rhizobacter)
皱纹单胞菌属(Rugamonas)
蛇形菌属(Serpens)
咸水球形菌目(Salinisphaerales)
咸水球形菌科(Salinisphaeraceae)
咸水球形菌属(Salinisphaera)
硫发菌目(Thiotrichales)
(Francisellaceae)
(Francisella)
鱼立克次体科(Piscirickettsiaceae)
(Cycloclasticus)
(Hydrogenovibrio)
(Methylophaga)
鱼立克次体属(Piscirickettsia)
(Sulfurivirga)
(Thioalkalimicrobium)
(Thiomicrospira)
硫发菌科(Thiotrichaceae)
无色菌属(Achromatium)
贝扎托菌属(Beggiatoa)
亮发菌属(Leucothrix)
硫杆菌属(Thiobacterium)
硫珠菌属(Thiomargarita)
硫辫菌属(Thioploca)
硫螺旋菌属(Thiospira)
硫发菌属(Thiothrix)
科未定
(Caedibacter)
(Fangia)
弧菌目(Vibrionales)
弧菌科(Vibrionaceae)
(Aliivibrio)
异单胞菌属(Allomonas)
(Beneckea)
链状球菌属(Catenococcus)
肠弧菌属(Enterovibrio)
(Grimontia)
(Listonella)
(Lucibacterium)
发光杆菌属(Photobacterium)
(Salinivibrio)
弧菌属(Vibrio)
黄色单胞菌目(Xanthomonadales)
华杆菌科(Sinobacteraceae)
(Hydrocarboniphaga)
(Nevskia)
华杆菌属(Sinobacter)
黄色单胞菌科(Xanthomonadaceae)
水单胞菌属(Aquimonas)
(Arenimonas)
(Aspromonas)
(Dokdonella)
(Dyella)
(Frateuria)
(Fulvimonas)
(Ignatzschineria)
(Luteibacter)
(Luteimonas)
(Lysobacter)
假黄色单胞菌属(Pseudoxanthomonas)
(Rhodanobacter)
(Silanimonas)
(Stenotrophomonas)
热单胞菌属(Thermomonas)
黄色单胞菌属(Xanthomonas)
(Xylella)
目未定
碱单胞菌属(Alkalimonas)
(Bowmanella)
聚集杆菌属(Congregibacter)*
(Methylohalomonas)
(Methylonatrum)
(Sedimenticola)
(Solimonas)
(Thiohalomonas)
(Thiohalophilus)
螺旋体门(Spirochaetes)
螺旋体纲(Spirochaetes)
螺旋体目(Spirochaetales)
短螺旋体科(Brachyspiraceae)
短螺旋体属(Brachyspira)
小蛇菌属(Serpulina)
钩端螺旋体科(Leptospiraceae)
纤线菌属(Leptonema)
钩端螺旋体属(Leptospira)
(Turneriella)
螺旋体科(Spirochaetaceae)
疏螺旋体属(Borrelia)
(Brevinema)
(Clevelandina)
(Cristispira)
(Diplocalyx)
(Hollandina)
(Pillotina)
螺旋体属(Spirochaeta)
密螺旋体属(Treponema)
柔膜菌门(Tenericutes)
注:此处Tenericutes不同于原先基于形态分类的“软壁菌门”,而仅包括支原体及其基于分子演化分类的亲属

柔膜菌纲(Mollicutes)
无胆甾原体目(Acholeplasmatales)
无胆甾原体科(Acholeplasmataceae)
无胆甾原体属(Acholeplasma)
植原体属(Phytoplasma)*
厌氧原体目(Anaeroplasmatales)
厌氧原体科(Anaeroplasmataceae)
厌氧原体属(Anaeroplasma)
无甾醇原体属(Asteroleplasma)
虫原体目(Entomoplasmatales)
虫原体科(Entomoplasmataceae)
虫原体属(Entomoplasma)
中间原体属(Mesoplasma)
螺原体科(Spiroplasmataceae)
螺原体属(Spiroplasma)
支原体目(Mycoplasmatales)
支原体科(Mycoplasmataceae)
(Allobaculum)
(Eperythrozoon)
(Haemobartonella)
支原体属(Mycoplasma)
脲原体属(Ureaplasma)
目未定
丹毒丝菌科(Erysipelothrichaceae)
(Bulleidia)
丹毒丝菌属(Erysipelothrix)
(Holdemania)
(Solobacterium)
热脱硫杆菌门(Thermodesulfobacteria)
热脱硫杆菌纲(Thermodesulfobacteria)
热脱硫杆菌目(Thermodesulfobacteriales)
热脱硫杆菌科(Thermodesulfobacteriaceae)
(Thermodesulfatator)
热脱硫杆菌属(Thermodesulfobacterium)
热微菌门(Thermomicrobia)
热微菌纲(Thermomicrobia)
热微菌目(Thermomicrobiales)
热微菌科(Thermomicrobiaceae)
热微菌属(Thermomicrobium)
热袍菌门(Thermotogae)
热袍菌纲(Thermotogae)
热袍菌目(Thermotogales)
热袍菌科(Thermotogaceae)
(Fervidobacterium)
(Geotoga)
(Marinitoga)
(Petrotoga)
(Thermosipho)
热袍菌属(Thermotoga)
疣微菌门(Verrucomicrobia)
丰祐菌纲(Opitutae)
(注:正确形式似应为Opituti)

丰祐菌目(Opitutales)
丰祐菌科(Opitutaceae)
交替球菌属(Alterococcus)
丰祐菌属(Opitutus)
紫红球菌目(Puniceicoccales)
紫红球菌科(Puniceicoccaceae)
(Cerasicoccus)
(Coraliomargarita)
(Pelagicoccus)
紫红球菌属(Puniceicoccus)
疣微菌纲(Verrucomicrobiae)
疣微菌目(Verrucomicrobiales)
疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)
(Akkermansia)
突柄杆菌属(Prosthecobacter)
(Rubritalea)
疣微菌属(Verrucomicrobium)
(Xiphinematobacteraceae)*
(Xiphinematobacter)*
门未定
(Jonquetella)
纤线杆菌纲(Ktedonobacteria)
纤线杆菌目(Ktedonobacterales)
纤线杆菌科(Ktedonobacteraceae)
纤线杆菌属(Ktedonobacter)

分类
生物

细胞内寄生物

细胞内寄生物(英语:Intracellular parasite)是指一类寄生于宿主细胞中生长、繁殖的生物,可分为兼性(Facultative)和专性(Obligate)寄生物。部分细胞内寄生物会导致相关疾病的发生。

目录
1 兼性寄生物
2 专性寄生物
3 营养
4 敏感性
5 参见
6 参考
兼性寄生物
兼性寄生物可以在胞内寄生,于胞外也可以存活[1]。

属于兼性寄生物的细菌举例如下:

汉氏巴尔通体(Bartonella henselae)[2]
兔热病杆菌(Francisella tularensis)[3]
李斯特菌[4]
伤寒沙门氏菌(Salmonella typhi)[5]
布鲁氏菌属(Brucella)[6]
军团菌属[7]
部分分枝杆菌(Mycobacterium)[8]
诺卡氏菌(Nocardia)[9]
红球菌(Rhodococcus equi)[10]
耶尔辛氏菌属[11]
脑膜炎双球菌(Neisseria meningitidis)[12]
属于兼性寄生物的真菌举例如下:

组织胞浆菌(Histoplasma capsulatum)[13]
新型隐球菌(Cryptococcus neoformans)[14]
专性寄生物

扫描电镜下拍摄的肺部寄生的刚地弓形虫(Toxoplasma gondii)
专性寄生物只能在寄生细胞内存活,生活完全依赖于宿主细胞内的资源。

专性寄生物有:

病毒
一部分细菌,比如:
沙眼衣原体及其近亲物种[15]
立克次氏体
考克斯氏体(Coxiella)
部分分枝杆菌属下的种,比如麻风分枝杆菌、结核分枝杆菌
部分原生生物,比如:
顶复门(疟原虫、弓形虫、隐孢子虫等)[16]
锥虫属(利什曼原虫、克氏锥虫)
一部分真菌,比如:
肺囊虫(Pneumocystis jirovecii)[17]
对专性寄生物的研究难度较高,因为他们通常不能在宿主外增殖。2009年,研究人员发现Q型流感的病原体贝氏柯克斯体(Coxiella burnetii)可以在一种无菌培养基上培养。他们在论文中提出,这种技术也许亦可以应用在其他病原体上[18]。

值得一提的是,内共生理论认为,线粒体最初也是寄生于细胞内的专性寄生物,但最后发展成了共生关系乃至成为细胞器[19]。

营养
细胞内寄生物主要依靠宿主细胞的能量生长繁殖,他们尤其需要在脱离宿主细胞时难以获取的营养物质。兼性细胞内寄生物嗜肺军团菌(Legionella pneumophila)目前是研究细胞内寄生物获取宿主细胞营养的标准研究模型。目前的研究表明,嗜肺军团菌通过促进宿主细胞蛋白自我分解或通过蛋白酶体分解,将这些蛋白质变为氨基酸。嗜肺军团菌可以用这些氨基酸作为碳源和主要的能量来源[20]。

敏感性
T细胞功能受损的人群(如AIDS患者)较难清除侵入体内的病原性细胞内寄生物[21]。

分类
生物

立克次氏体列表

立克次氏体列表

立克次氏体介于细菌和病毒之间,最大的相当最小的细菌,最小的只略大于病毒。

立克次氏体目(Rickettsiales)
立克次氏体科(Rickttsiaceae)
立克次氏体属(Rickettsia)
罗卡利马氏体属(Rochalimaea)
考克斯氏体属(Coxiella)
考德里氏体属(Cowdria)
新立克斯氏体属(Neorickettssia)
巴尔通氏体科(Bartonellaceae)
巴尔通氏体属(Bartonlla)
雷厄姆氏体属(Grahamella)
无形体科(Anaplasmataceae)
衣原体目(Chlamydiaceae)

分类
生物

真菌过滤

真菌过滤(英语:Mycofiltration)是利用蘑菇菌丝体垫的生物过滤器的处理过程。该术语是由真菌学家保罗·史塔曼兹(Paul Stamets)创造的新词。

史塔曼兹原本想出的技术来控制从他的房地产物业流出的水中的大肠杆菌(E. coli)。在种植了蘑菇床在水要离开峡谷后,在一年之内水中大肠杆菌的数量就已降至接近检测不到的水平。他发现蘑菇在日益增长的菌丝体的前面产生结晶实体,瓦解了它们遇到了大肠杆菌。[来源请求]

另一种蘑菇,猪苓,已被证明能抑制恶性疟原虫,一种寄生虫引起的最危险的类型的疟疾感染。[1]

一个真菌过滤的工业应用是防止水土流失。它的主要应用是用于已经被遗弃的伐木道路。这里的方法是把树皮和木屑放在伐木道路上,给这种木材碎片接种本地真菌物种菌丝体。由于木片分解,菌丝网络发育,它们充当过滤器,以防止淤泥流。在这个过程中,它们还会更新表层土壤,刺激原生植物和动物的生长。

分类
生物

真菌修复

真菌修复(Mycoremediation)是一个由美国真菌学家保罗·史塔曼兹创立的新词,是生物修复的一种,意指以真菌来降解环境中的污染物。真菌可分泌酵素到环境中,将许多有机污染物分解成小分子。有些真菌同时还是超富集生物,可吸收环境中的重金属离子并储存在子实体中,有移除环境中的污染物与重金属的功效。

目录
1 案例
2 相关条目
3 参考资料
4 外部链接
案例

平菇(Pleurotus ostreatus)
分解作用是真菌在生态系中所扮演的重要角色之一,由菌丝体往体外分泌酵素达成。木质素和纤维素是植物纤维的两个主要组成部分。许多真菌可体外分泌酸性物质与酵素以分解纤维素与木质素等大分子物质,进行胞外消化,许多有机污染物也有类似这些物质的长碳链接构。真菌修复的关键是找出可分解特定污染物的真菌种类,已有某些种的真菌被发现有分解VX (神经毒剂)和沙林的能力[1]。

著名的生物修复研究者S. A. Thomas曾进行一项实验,它将平菇的菌丝体接种至被柴油污染的土壤中,使用细菌的传统生物复育方法则被用作对照组。四周后,加入平菇的实验组有95%以上的多环芳香烃被分解成小分子的无毒产物,土壤中原本的菌落可能与真菌一起参与分解作用。木材腐朽菌对分解芳香族与含氯的污染物特别有效[2]。

相关条目
icon 可持续发展主题
真菌主题
真菌过滤(Mycofiltration):是一个相似的概念,以菌丝体过滤土壤中的水分,以移除污染物。
菌丝体
生物降解
堆肥
保罗·史塔曼兹

分类
生物

益生菌

益生菌(Probiotics)是指一般认为食入后对宿主(如动物或人类)有正面效益的食入性微生物[1][2][3]。

在医学上,目前科学证据无法显示益生菌的使用有助于改善免疫系统、改善肠道健康、缓解便秘及预防感冒等健康支持作用[3][4][5],美国联邦贸易委员会也不允许这类宣称疗效的广告[6]。

益生菌一般来说是安全的,但在极少数个案中可能造成细菌-宿主交互作用及不良反应[7][8][9]。

有研究人员认为若在抗生素治疗后服用益生菌会阻碍肠道微生物组的恢复。[10][11]

目录
1 定义
2 历史
3 益生菌的食物
4 常见菌种
5 参考文献
6 相关条目
7 外部链接
定义
益生菌(Probiotics),源于希腊语“for life”(对生命有益),中文译为“益生菌”或“原生保健性菌种”;而益生菌主要是指乳酸菌和部分酵母菌。

历史
根据历史记载,人类最早食用的益生菌是来自于酸奶(优酪乳),早在公元前3000多年前,居住在土耳其高原的古代游牧民族就已经制作和饮用酸奶了。最初的酸奶可能起源于偶然的机会。那时羊奶存放时经常会变质,是由于不良细菌污染了羊奶所致,但是有一次空气中酸奶的乳酸菌偶然进入羊奶,这些益菌使羊奶发生了类似于肠胃道内的变化,变得更为酸甜适口了,这就是最早的酸奶。

公元前2000多年前,在希腊东北部和保加利亚地区生息的古代色雷斯人也掌握了酸奶的制作技术。他们最初使用的也是羊奶。后来,酸奶技术被古希腊人传到了欧洲的其他地方。

20世纪初,俄国科学家埃黎耶·埃黎赫·梅契尼可夫(Élie Metchnikoff)在研究保加利亚人为何长寿者较多的现象时,发现这些长寿者都爱喝酸奶,而提出发酵后的乳类中所含的乳酸菌对人体健康有益理论。

梅契尼可夫的研究成果使一位西班牙商人艾萨克·卡拉索受到启发,于1919年建立酸奶制造厂(现今的达能集团),把酸奶当作一种具有药物作用的“长寿饮料”放在药房销售。第二次世界大战爆发后,卡拉索于美国又建了一座酸奶厂。

益生菌的食物
益生元,又称益生质、益菌生,就是益生菌的食物,通常是人类所不能消化,但是细菌却可以从中提取养分(或者是促进生长的环境也算),益生质能够促进肠胃道益生菌的繁衍。

常见菌种
一般所称“乳酸菌”是指能利用碳水化合物进行发酵生产多量乳酸之细菌总称,为一相当庞杂的菌群,近年来经由科技及分子生物学的不断发展,目前普遍认为的乳酸菌已由早期的4个属(genus)再细分及扩充为17个属273个种(species):

肠球菌属(Enterococcus)
乳杆菌属(Lactobacillus)
芽孢杆菌属(Bacillus)
梭菌属(Clostridium)
乳酸球菌属(Lactococcus lactis)
明串球菌属(Leuconostoc)
足球菌属(Pediococcus)
肉品杆菌属(Carnobacterium)
徘徊球菌属(Vagococcus)
四体球菌属(Tetragenococcus)
双歧杆菌属(Bifidobacterium)
阿托波菌属(Atopobium)
魏斯氏菌属(Weissella)
贫养菌属(Abiotrophia)
颗粒链菌属(Granulicatella)
酒球菌属(Oenococcus)
副乳杆菌属(Paralactobacillus)
此外,益生菌还包括酵母属(Saccharomyces)的布拉酵母菌种(Saccharomyces boulardii)。

肠球菌属

Enterococcus faecalis -粪肠球菌。
Enterococcus faecium -屎肠球菌。
由于肠球菌被发现许多的抗药性风险,因此不被认为是一般公认安全(GRAS)的菌种[12][13],世界卫生组织不建议作为益生菌使用[14],欧洲食品安全局(EFSA)也认为肠球菌并非属于合格认定安全(QPS)的菌种[15][16],目前欧盟已禁止将肠球菌添加于食品,仅限用于禽畜之饲料使用[17]。美国食品药品监督管理局的乳制品指导方针草案也不建议将肠球菌作为益生菌使用[18]。
乳酸杆菌属

Lactobacillus acidophilus -嗜酸乳杆菌,简称A菌。主要定居在小肠,是小肠内数量最多的细菌,在阴道壁、子宫颈和尿道都有它的踪迹。能稍微降低胆固醇(4%)、疑似免疫调节及降低念珠菌属阴道炎的感染等。
Lactobacillus brevis -短乳杆菌,人嘴、老鼠尾巴及肠道可发现其存在,亦存在牛奶与起司中。能抑制肠道致病菌、维持消化道机能、促进食欲及免疫调节。
Lactobacillus casei -干酪乳杆菌,简称C菌。相当耐酸,能有效地通过胃酸胆碱的考验,而有规模的进入肠道定殖。
L. delbrueckii subsp. bulgaricus -保加利亚乳杆菌,是德式乳酸杆菌的一个亚种,被广泛应用在酸奶制作的过程中。疑似具有调节胃肠道健康、促进消化吸收、增加免疫功能等功效。
Lactobacillus johnsonii -约氏乳杆菌,简称LJ菌。
Lactobacillus paracasei -副干酪乳杆菌,简称LP菌。耐胃酸及胆盐,在肠道中定殖效果良好。能促进体内Th1细胞激素分泌,抑制Th2细胞所造成的敏感免疫反应,达到免疫系统平衡。对于异位性皮肤炎等过敏症状可能有疗效。
Lactobacillus reuteri -洛德乳杆菌,简称R菌。是少数在成人与婴儿体内皆可发现到的乳酸菌之一,可帮助宝宝肠道细胞的生长,促进益菌繁殖。
Lactobacillus rhamnosus -鼠李糖乳杆菌。
Lactobacillus rhamnosus GG -简称LGG菌。正式名称为鼠李糖乳杆菌GG株。是当前世界上研究最多的益生菌,也是首批被证实能够在人体肠道存活并定殖的益生菌之一。可在血清中增加足够的细胞间白素-10,降低引起局部性敏感免疫反应的细胞激素形成。能促进益菌生长、降低对乳品或食物的过敏、治疗不明原因或急性腹泻功能等。
Lactobacillus salivarius -唾液乳杆菌。
双歧杆菌属

Bifidobacterium bifidum -比菲德氏菌,简称B菌。帮助保持肠道酸性的环境,减少有害菌的繁殖;可能增强免疫力,降低胆固醇,改善便秘及调节肠道生理机能。
Bifidobacterium infantis -婴儿型比菲德氏菌。因为是被发现在婴儿的肠道之中,故被称为婴儿型比菲德氏菌。能减缓人体免疫系统过度反应所导致的发炎性伤害。
Bifidobacterium lactis -雷特氏B菌。从健康婴儿的粪便中分离获得,是人体肠道最常见的菌群之一。耐胃酸及胆盐,并在肠道中定殖,达到增加体内好菌的效果。可缓解胃炎及改善乳糖不耐症。
Bifidobacterium longum -长双歧杆菌,又称龙根菌。肠道内的益菌以长双歧杆菌为主,也是真正的人体原生菌种。能有效调节Th2细胞免疫反应,降低过敏患者血中IgE含量,进而可能改善因花粉引起的过敏症状,也可能改善抗生素及食物病原菌造成的腹泻。
芽孢杆菌属

Bacillus coagulans -芽孢乳酸菌,旧称Lactobacillus sporogenes 。可能改善因肠道菌群失调所引起的急、慢性腹泻、慢性便秘、腹胀和消化不良等症状。
梭菌属

Clostridium butyricum -丁酸梭菌,又称酪酸梭菌、酪酸菌或宫入菌。防治慢性腹泻、抗生素相关性肠炎、便秘或腹泻便秘交替等症状,调整肠道功能正常化。
酵母菌属

Saccharomyces boulardii -布拉酵母菌[19]

分类
生物

病毒

病毒(英语:virus,中文旧称“滤过性病毒”)是由一个核酸分子(DNA或RNA)与蛋白质构成的非细胞形态,为类生物,无法自行表现出生命现象,靠寄生生活的介于生命体及非生命体之间的有机物种,它既不是生物亦不是非生物,目前不把它归于五界(原核生物、原生生物、真菌、植物和动物)之中。[1]它是由一个保护性外壳包裹的一段DNA或者RNA,借由感染的机制,这些简单的有机体可以利用宿主的细胞系统进行自我复制,[2]但无法独立生长和复制。病毒可以感染几乎所有具有细胞结构的生命体。第一个已知的病毒是烟草花叶病毒,由马丁乌斯·贝杰林克于1899年发现并命名,[3]迄今已有超过5000种类型的病毒得到鉴定。[4]研究病毒的科学称为病毒学,是微生物学的一个分支。

病毒由两到三个成分组成:病毒都含有遗传物质(RNA或DNA,只由蛋白质组成的朊毒体并不属于病毒[5]);所有的病毒也都有由蛋白质形成的衣壳,用来包裹和保护其中的遗传物质;此外,部分病毒在到达细胞表面时能够形成脂质包膜环绕在外。病毒的形态各异,从简单的螺旋形和正二十面体形到复合型结构。病毒颗粒大约是细菌大小的千分之一。[6]病毒的起源目前尚不清楚,不同的病毒可能起源于不同的机制:部分病毒可能起源于质粒(一种环状的DNA,可以在细胞内复制并在细胞间进行转移),而其他一些则可能起源于细菌。

病毒的传播方式多种多样,不同类型的病毒采用不同的方法。例如,植物病毒可以通过以植物汁液为生的昆虫,如蚜虫,来在植物间进行传播;而动物病毒可以通过蚊虫叮咬而得以传播。这些携带病毒的生物体称为“载体”。流感病毒可以经由咳嗽和打喷嚏来传播;诺罗病毒则可以通过手足口途径来传播,即通过接触带有病毒的手、食物和水;轮状病毒常常是通过接触受感染的儿童而直接传播的;此外,艾滋病毒则可以通过体液接触来传播。

并非所有的病毒都会导致疾病,因为许多病毒的复制并不会对受感染的器官产生明显的伤害。一些病毒,如艾滋病毒,可以与人体长时间共存,并且依然能保持感染性而不受到宿主免疫系统的影响,即“病毒持续感染”(viral persistence)。[7]但在通常情况下,病毒感染能够引发免疫反应,消灭入侵的病毒。而这些免疫反应能够通过注射疫苗来产生,从而使接种疫苗的人或动物能够终生对相应的病毒免疫。像细菌这样的微生物也具有抵御病毒感染的机制,如限制修饰系统。[8]抗生素对病毒没有任何作用,但用于治疗病毒感染的抗病毒药物已经研发出来。[9]

目录
1 历史
2 起源
3 结构
3.1 螺旋形
3.2 正二十面体形
3.3 包膜型
3.4 复合型
4 遗传物质
4.1 遗传变异
5 生命周期
5.1 DNA病毒
5.2 RNA病毒
5.3 反转录病毒
6 命名
7 分类
7.1 ICTV分类法
7.2 巴尔的摩分类法
8 病毒与人类疾病
8.1 流行病学
8.2 流行病和瘟疫
8.3 癌症
8.4 宿主防御机制
8.5 预防与治疗
8.5.1 疫苗
8.5.2 抗病毒药物
9 其他物种中的病毒感染
9.1 动物
9.2 植物
9.3 细菌
9.4 古菌
10 应用
10.1 生命科学与医学
10.2 材料科学与纳米技术
10.3 武器
11 参见
12 参考文献
12.1 引用
12.2 书籍
13 延伸阅读
14 外部链接
历史

荷兰微生物学家马丁乌斯·贝杰林克
关于病毒所导致的疾病,早在公元前2-3世纪的印度和中国就有了关于天花的记录。[10]但直到19世纪末,病毒才开始逐渐得以发现和鉴定。1884年,法国微生物学家查理斯·尚柏朗发明了一种细菌无法通过的过滤器(尚柏朗过滤器,其滤孔孔径小于细菌的大小),他利用这一过滤器就可以将液体中存在的细菌除去。[11]1892年,俄国生物学家德米特里·伊凡诺夫斯基在研究烟草花叶病时发现,将感染了花叶病的烟草叶的提取液用烛形滤器过滤后,依然能够感染其他烟草。于是他提出这种感染性物质可能是细菌所分泌的一种毒素,但他并未深入研究下去。[12]当时,人们认为所有的感染性物质都能够借由过滤除去并且能够在培养基中生长,这也是疾病的细菌理论(germ theory)的一部分。[13]1899年,荷兰微生物学家马丁乌斯·贝杰林克重复了伊凡诺夫斯基的实验,并相信这是一种新的感染性物质。[14]他还观察到这种病原只在分裂细胞中复制,由于他的实验没有显示这种病原的颗粒形态,因此他称之为contagium vivum fluidum(可溶的活菌)并进一步命名为virus(病毒)。[12]贝杰林克认为病毒是以液态形式存在的(但这一看法后来由温德尔·梅雷迪思·斯坦利推翻,他证明了病毒是颗粒状的)。[12]同样在1899年,弗雷德里希·勒夫勒(Friedrich Loeffler)和保罗·弗罗施(Paul Frosch)发现患口蹄疫动物淋巴液中含有能通过滤器的感染性物质,由于经过了高度的稀释,排除了其为毒素的可能性;他们推论这种感染性物质能够自我复制。[12]

20世纪早期,英国细菌学家弗雷德里克·图尔特发现了可以感染细菌的病毒,并称之为噬菌体。[15]随后法裔加拿大微生物学家费里斯·代列尔(Félix d’Herelle)描述了噬菌体的特性:将其加入长满细菌的琼脂固体培养基上,一段时间后会出现由于细菌死亡而留下的空斑。高浓度的病毒悬液会使培养基上的细菌全部死亡,但通过精确的稀释,可以产生可辨认的空斑。通过计算空斑的数量,再乘以稀释倍数就可以得出溶液中病毒的个数。[16]他们的工作揭开了现代病毒学研究的序幕。

在19世纪末,认为病毒的特性是感染性、可滤过性和需要活的宿主,也就意味着病毒只能在动物或植物体内生长。1906年,哈里森发明了在淋巴液中进行组织生长的方法;接着在1913年,E·斯坦哈特(E. Steinhardt)、C·伊斯雷利(C. Israeli)和R·A·兰伯特(R. A. Lambert)利用这一方法在豚鼠角膜组织中成功培养了牛痘苗病毒,突破了病毒需要体内生长的限制。 [17]1928年,H·B·梅特兰(H. B. Maitland)和M·C·梅特兰(M. C. Maitland)有了更进一步的突破,他们利用切碎的母鸡肾脏的悬液对牛痘苗病毒进行了培养。他们的方法在1950年代得以广泛应用于脊髓灰质炎病毒疫苗的大规模生产。[18]

另一项研究突破发生在1931年,美国病理学家欧内斯特·古巴斯捷(Ernest William Goodpasture)在受精的鸡蛋中培养了流感病毒。[19]1949年,约翰·富兰克林·恩德斯、托马斯·哈克尔·韦勒和弗雷德里克·查普曼·罗宾斯利用人的胚胎细胞对脊髓灰质炎病毒进行了培养,这是首次在没有固体动物组织或卵的情况下对病毒进行的成功培养。乔纳斯·索尔克利用此一研究成果来有效生产脊髓灰质炎病毒疫苗。[20]

1931年,德国工程师恩斯特·鲁斯卡和马克斯·克诺尔发明了电子显微镜,使得研究者首次得到了病毒形态的照片。[21]1935年,美国生物化学家和病毒学家温德尔·梅雷迪思·斯坦利发现烟草花叶病毒大部分是由蛋白质所组成的,并得到病毒晶体。[22]随后,他将病毒成功地分离为蛋白质部分和RNA部分。[23]温德尔·斯坦利也因为他的这些发现而获得了1946年的诺贝尔化学奖。[24]烟草花叶病毒是第一个结晶的病毒,从而可以通过X射线晶体学的方法来得到其结构细节。第一张病毒的X射线衍射照片是由贝纳(Bernal)和范库肯(Fankuchen)于1941年所拍摄的。1955年,通过分析病毒的衍射照片,罗莎琳·富兰克林揭示了病毒的整体结构。[25]同年,海因茨·弗罗伦克-卡纳特(Heinz Fraenkel-Conrat)和罗布利·威廉姆斯发现将分离纯化的烟草花叶病毒RNA和衣壳蛋白混合在一起后,可以重新组装成具有感染性的病毒,这也揭示了这一简单的机制很可能就是病毒在它们的宿主细胞内的组装过程。[26]

20世纪的下半叶是发现病毒的黄金时代,大多数能够感染动物、植物或细菌的病毒在这数十年间发现。[3][27]1957年,马动脉炎病毒和导致牛病毒性腹泻的病毒(一种瘟病毒)正式发现;1963年,巴鲁克·塞缪尔·布隆伯格发现了乙型肝炎病毒;[28]1965年,霍华德·马丁·特明发现并描述了第一种逆转录病毒;这类病毒将RNA逆转录为DNA的关键酶,即逆转录酶,在1970年由霍华德·马丁·特明和戴维·巴尔的摩分别独立鉴定出来。[29]1983年,法国巴斯德研究院的吕克·蒙塔尼耶和他的同事弗朗索瓦丝·巴尔-西诺西首次分离得到了一种逆转录病毒,也就是现在世人皆知的艾滋病毒(HIV)。[30]其二人也因此与发现了能够导致子宫颈癌的人乳头状瘤病毒的德国科学家哈拉尔德·楚尔·豪森分享了2008年的诺贝尔生理学与医学奖。[31]

起源
只要有生命的地方,就有病毒存在;病毒很可能在第一个细胞进化出来时就存在了。[32]病毒起源于何时尚不清楚,因为病毒不形成化石,也就没有外部参照物来研究其进化过程,同时病毒的多样性显示它们的进化很可能是多条线路的而非单一的。[33]分子生物学技术是目前可用的揭示病毒起源的方法;[34]但这些技术需要获得远古时期病毒DNA或RNA的样品,而目前储存在实验室中最早的病毒样品也不过90年。[35][36]有三种流行的关于病毒起源的理论:[37][38]

逆向理论(Regressive theory):病毒可能曾经是一些寄生在较大细胞内的小细胞。随着时间的推移,那些在寄生生活中非必需的基因逐渐丢失。这一理论的证据是,细菌中的立克次氏体和衣原体就像病毒一样,需要在宿主细胞内才能复制;而它们缺少了能够独立生活的基因,这很可能是由于寄生生活所导致的。这一理论又称为退化理论(degeneracy theory)。[39][40]
细胞起源理论(有时也称为漂荡理论):[39][41]一些病毒可能是从较大生物体的基因中“逃离”出来的DNA或RNA进化而来的。逃离的DNA可能来自质粒(可以在细胞间传递的裸露DNA分子)或转座子(可以在细胞基因内不同位置复制和移动的DNA片段,[42]曾称为“跳跃基因”,属于可移动遗传元件)。转座子是在1950年由巴巴拉·麦克林托克在玉米中发现的。[43]
共进化理论:病毒可能进化自蛋白质和核酸复合物,与细胞同时出现在远古地球,并且一直依赖细胞生命生存至今。类病毒是一类RNA分子,但不归入病毒中,因为它们缺少由蛋白质形成的衣壳。然而,它们具有多种病毒的普遍特征,常常称为亚病毒物质。[44]类病毒是重要的植物病原体。[45]它们没有编码蛋白质的基因,但可以与宿主细胞作用,利用宿主来进行它们自身的复制。[46]人类丁型肝炎病毒具有和类病毒相似的RNA基因组,也不能生成自己的蛋白质衣壳,但却能够利用乙型肝炎病毒的衣壳。因此,丁型肝炎病毒是一种缺陷型病毒,需要乙型肝炎病毒的帮助才能够进行复制。[47]这些依赖于其他种类病毒的病毒称为“卫星病毒”,它们可能是介于类病毒和病毒之间的进化中间体。[48][49]朊病毒是具有感染性的蛋白质分子,不含DNA或RNA。[50]朊病毒会导致绵羊感染羊搔痒症或牛感染牛海绵状脑病(俗称“疯牛病”),也会使人获患库鲁病(Kuru)和克雅二氏病。[51]虽然缺乏核酸,朊病毒依然能够复制,这是因为在生物体内存在与朊病毒具有相同序列但结构不同的正常蛋白质,而朊病毒可以使这些正常蛋白质的结构发生变化,转化为朊病毒,这样新产生的朊病毒又可以感染更多的正常蛋白质,使得朊病毒越来越多。虽然朊病毒与病毒或类病毒本质完全不同,但朊病毒的发现进一步提高了该理论的可信性,说明病毒可能进化自能够自我复制的分子。[52]
利用计算机来分析病毒和宿主DNA的序列信息,可以对不同病毒之间的进化关系有更好的了解,而且可以有助于发现现代病毒的祖先。至今这类分析还没有能够决定哪一种理论是正确的。而且不大可能所有的病毒都来自同一祖先,不同的病毒很可能是通过一种或多种机制在不同的时期产生。[53]

对于病毒到底是一种生命形式,还是仅仅是一种能够与生物体作用的有机结构,人们的观点各不相同。有人将病毒描述为处于“生命边缘的生物体”,[54]因为它们像其它生物体一样拥有基因、能够通过自然选择而进化[55]并且能够通过自行组装来完成复制。然而,虽然病毒含有基因,但它们没有细胞结构,而细胞被认为是生命的基本单位;而且,病毒没有自身的代谢机制,需要通过宿主细胞来替它们完成复制繁殖,因此它们不能够在宿主细胞外进行繁殖(虽然属于细菌的立克次氏体和衣原体也具有同样的缺陷);可接受的生命形式是利用细胞分裂来进行繁殖的,而病毒是自发地在细胞内进行组装的,类似于晶体的自发生长过程。虽然病毒是否是一种生命形式,目前还没有定论,但病毒在宿主细胞内的自组装方式对于研究生命起源具有一定启示意义,[56]有一种假说就认为生命是起始于有机分子的自组装。[57]

结构

A.无包膜病毒;B.具包膜病毒。①衣壳,②核酸,③壳粒,④核衣壳,⑤病毒体,⑥外套膜,⑦刺突蛋白
病毒的形状和大小(统称形态)各异。大多数病毒的直径在10-300纳米(nm)。一些丝状病毒的长度可达1400nm,但其宽度却只有约80nm。[6]大多数的病毒无法在光学显微镜下观察到,而扫描或透射电子显微镜是观察病毒颗粒形态的主要工具,常用的染色方法为负染色法。[58]

一个完整的病毒颗粒称为“病毒体”(virion),是由蛋白质组成的具有保护功能的“衣壳(Capsid,或称蛋白质外壳)”和衣壳所包住的核酸组成。形成衣壳的等同的蛋白质亚基称作次“蛋白衣”或“壳粒”(capsomere)。[59]有些病毒的核衣壳外面,还有一层由蛋白质、多糖和脂类构成的膜叫做“包膜”(envelope,又称外套膜),包膜上生有“刺突”(spike),如流感病毒。衣壳是由病毒基因组所编码的蛋白质组成的,它的形状可以作为区分病毒形态的基础。[60][61]通常只需要存在病毒基因组,衣壳蛋白就可以自组装成为衣壳。但结构复杂的病毒还会编码一些帮助构建衣壳的蛋白质。与核酸结合的蛋白质称为核蛋白,核蛋白与核酸结合形成核糖核蛋白,再与衣壳蛋白结合在一起就形成了“核衣壳”。病毒的形态一般可以分为以下四种:

螺旋形

烟草花叶病毒结构:病毒RNA卷曲在的由重复的蛋白质亚基组成的螺旋形衣壳中。
螺旋形的衣壳是由壳粒绕着同一个中心轴排列堆积起来,以形成一个中空的棒状结构。这种棒状的病毒体可以是短而刚性的,也可以是长而柔性的。具有这种形态的病毒一般为单链RNA病毒,研究得最多的就是烟草花叶病毒,[62]但也有少量单链DNA病毒也为螺旋形;无论是哪一种病毒,其核酸都通过静电相互作用与衣壳蛋白结合(核酸带负电而衣壳蛋白朝向中心的部分带正电)。一般来说,棒状病毒体的长度取决于内部核酸的长度,而半径取决于壳粒的大小和排列方式。用于定义这种螺旋形态的参数有两个:amplitude和pitch,前者即直径,而后者是指壳粒环绕一周后所前进的距离。[63]

正二十面体形

具有正二十面体结构的腺病毒的电镜照片
大多数的动物病毒为正二十面体或具有正二十面体对称的近球形结构。二十面体具有5-3-2对称,即每个顶点为5重对称,每个面的中心为3重对称,每条边的中心为2重对称。[63]病毒之所以采用这种结构可能的一个很重要的原因是,规则的二十面体是相同壳粒形成封闭空间的一个最优途径,可以使所需的能量最小化。[64]形成二十面体所需的最少的等同的壳粒的数量为12,每个壳粒含有5个等同的亚基。但很少有病毒只含有60个衣壳蛋白亚基,多数正二十面体形病毒的亚基数量大于60,为60的倍数,倍数可以是3、4、7、9、12或更多。[64]由于二十面体的对称性,位于顶点的壳粒周围有五个壳粒环绕,称为“penton”;而位于三角形面中心的壳粒周围有六个壳粒环绕,称为“hexon”。[65]

包膜型

带状疱疹病毒的电镜负染照片显示其病毒颗粒周围环绕在包膜里。
一些病毒可以利用改造后的宿主的细胞膜(来自细胞表面的质膜或细胞内部的膜,如核膜及内质网膜)环绕在病毒体周围,形成一层脂质的包膜。包膜上既镶嵌有来自宿主的膜蛋白也有来自病毒基因组编码的膜蛋白;而脂质膜本身和其中的糖类则都来自宿主细胞。包膜型病毒位于包膜内的病毒体可以是螺旋形或正二十面体形的。[63]

无包膜的病毒在宿主细胞内完成复制后,需要宿主细胞死亡并裂解后,才能逸出并进一步感染其他细胞。这种方法虽然简单,但常常造成大量非成熟细胞死亡,反而降低了对宿主细胞的利用率。而有了包膜之后,病毒可以通过包膜与宿主的细胞膜融合来出入细胞,而不需要造成细胞死亡。[63]流感病毒和艾滋病毒就采用的是这种策略。大多数的包膜型病毒的感染性都依赖于包膜。[66]

复合型

一个典型的有尾噬菌体的结构:①头部,②尾部,③核酸,④头壳,⑤颈部,⑥尾鞘,⑦尾丝,⑧尾钉,⑨基板
与以上三类病毒形态相比,复合型病毒的结构复杂得多,它们的衣壳既非完全的螺旋形又非完全的正二十面体形,可以有附加的结构,如蛋白质组成的尾巴或复杂的外壁。有尾噬菌体和痘病毒都是比较典型的复合型病毒。

有尾噬菌体在噬菌体中数量最多,其壳体由头部和尾部组成,头部呈正二十面体对称,尾部呈螺旋对称,头部和尾部之间通过颈部相连。此外噬菌体的尾部还附着有一些尾鞘、尾丝和尾钉等。其头壳中包裹着噬菌体的基因组,而尾部的各个组件则在噬菌体感染细菌的过程中发挥作用。

痘病毒是一种具有特殊形态的体形较大的复合型病毒。其病毒基因组与结合蛋白位于称为拟核的一个中心区域。拟核围绕在一层膜和两个未知功能的侧体中。痘病毒具有外层包膜,包膜外有一层厚的蛋白质外壳布满整个表面。痘病毒的形态有轻微的多态性,从卵状到砖块状都有。[67]

拟菌病毒(mimivirus)是目前已知最大的病毒,其衣壳直径达400nm,体积接近小型细菌,且表面布满长达100nm的蛋白质纤维丝。在电镜下观察到的拟菌病毒呈六边形,因此推测其衣壳应为二十面体对称。[68]

遗传物质
病毒遗传物质的多样性
性质 参数
核酸类
DNA
RNA
DNA和RNA
形状
线状
环状
分段
链型
单链
双链
双链,部分区域为单链

正义(+)
反义(−)
双义(+/−)
与一般的细胞生物的遗传物质为双链DNA不同的是,病毒的遗传物质(即病毒基因组)可以为DNA或RNA,可以为单链或双链。从目前已发现的病毒来看,更多的是RNA病毒;其中,植物病毒多为单链RNA病毒,而噬菌体多为双链DNA病毒。[69]不同病毒的遗传物质中的基因结构也各不相同,它们之间的差异性比动物、植物或细菌中任何一个生物域内物种间的差异性都要大。

病毒的核酸可以是环状的,如多瘤病毒,或线状的,如腺病毒。核酸的种类与其所呈现的形状无关。在RNA病毒中,病毒体中的核酸常可以分裂为多个区段,这种状态称为“分段”(segmented)。其中的每一段常常编码一个蛋白质,并且这些区段通常位于同一个衣壳中。但每一个区段并不一定要在同一个病毒体中才能使病毒整体具有感染性,雀麦花叶病毒(Brome mosaic virus)就是一个例子。[6]

病毒的核酸可以是单链或双链,也与核酸的种类无关。双链的病毒核酸是由两条互补配对的核酸链所组成,如同一个梯子。而单链的病毒核酸是一条没有配对的核酸链,如同一个梯子从中间分成两边的其中一边。一些病毒,如肝病毒科中的部分病毒,其核酸部分为单链,部分为双链。[69]

其核酸为RNA或单链DNA的病毒,其核酸链可以分为正义链或反义链,这种划分取决于其与病毒mRNA是否互补。正义病毒RNA与病毒mRNA等同,宿主细胞因此可以直接用其来翻译。反义病毒RNA与病毒mRNA互补,必须通过RNA聚合酶合成正义病毒RNA后,才能够进行翻译。单链DNA的情况与RNA相似,“编码链”(与病毒mRNA互补)为反义链(−),而“非编码链”为正义链(+)。[69]

不同病毒的核酸的大小差别很大。最小的病毒基因组分子量只有106道尔顿,编码4个蛋白质;最大的病毒基因组则有108道尔顿,编码超过100个蛋白质。[69]RNA病毒的基因组通常比DNA病毒来的小,这是由于其复制过程有更高的错误率,使得RNA病毒的大小有上限。如果超出这一上限,复制后的RNA病毒基因组会出现错误,使得导致病毒无功能或无竞争力。为了弥补这一缺陷,RNA病毒通常将自己的核酸分成多个分子,每一个分子就是一段基因组,这样也就降低了复制过程中的错误率。相比而言,由于DNA病毒具有保真度较高的复制酶,降低了复制的错误几率,因而其基因组也就更大。

遗传变异

两个不同的流感病毒株如何通过抗原转移或基因重排,形成新的病毒株。
病毒的遗传变异可以有多种机制。“遗传漂变”(genetic drift)是其中之一,即病毒DNA或RNA上单个碱基的突变。大多数这样的单点突变是无义的(或者说是沉默的),因为它们没有导致所编码的蛋白质发生变化;但有一小部分突变可能会引起进化上的优势,如产生对抗病毒药物的抵抗力。[70]抗原漂移(antigenic shift)是另一种病毒基因组的主要变化,是由遗传重组或基因重排所导致的。当流感病毒发生抗原转移后,可能会导致瘟疫。[71]RNA病毒常常以准种(quasispecies)的形式或大量同种但基因组核苷酸序列存在微小差异的病毒的形式存在。这样的准种是自然选择的主要目标。[72]

分段的基因组具有进化上的优势:同一种病毒的不同的病毒株中的分段基因组可以进行重排,重排后产生的后代病毒具有不同于上一代的独特的特征。这种基因重排又称为“病毒的有性生殖”(viral sex)。[73]

遗传重组是一条DNA链断裂后重新连接到另一条不同DNA分子末端的过程。遗传重组可以在病毒感染细胞的同时发生。对病毒进化的研究结果显示,在已研究的各种病毒中,重组发生得极为频繁。[74]而且,无论是RNA病毒还是DNA病毒,重组的发生都是非常普遍的。[75][76]

生命周期

流感病毒自我复制过程简图:1.病毒体附着到宿主细胞表面并通过胞吞进入细胞;2.衣壳分解后,病毒核糖核蛋白转运入核;3a.病毒基因组转录;3b.病毒基因组复制;4.新合成的病毒mRNA出核并完成翻译;5a.合成的核蛋白入核与新复制的核酸结合;5b.合成的病毒表面蛋白进入高尔基体完成翻译后修饰并转运上膜;6.新形成的核衣壳进入细胞质并与插有病毒表面蛋白的细胞膜结合;7.新生成的病毒体通过出泡方式离开宿主细胞。
由于病毒是非细胞的,无法通过细胞分裂的方式来完成数量增长;它们是利用宿主细胞内的代谢工具来合成自身的拷贝,并完成病毒组装。不同的病毒之间生命周期的差异很大,但大致可以分为六个阶段:[77]

附着:首先是病毒衣壳蛋白与宿主细胞表面特定受体之间发生特异性结合。这种特异性决定了一种病毒的宿主范围。例如,艾滋病毒只能感染人类T细胞,因为其表面蛋白gp120能够与T细胞表面的CD4分子和受体结合。这种吸附机制通过不断的进化,使得病毒能够更特定地结合那些使它们能够完成复制过程的细胞。对于带包膜的病毒,吸附到受体上可以诱发包膜蛋白发生构象变化从而导致包膜与细胞膜发生融合。
入侵:病毒附着到宿主细胞表面之后,通过受体介导的胞吞或膜融合进入细胞,这一过程通常称为“病毒进入”(viral entry)。感染植物细胞与感染动物细胞不同,因为植物细胞有一层由纤维素形成的坚硬的细胞壁,病毒只有在细胞壁出现伤口时才能进入。[78]一些病毒,如烟草花叶病毒可以直接在植物内通过胞间连丝的孔洞从一个细胞运动到另一个细胞。[79]与植物一样,细菌也有一层细胞壁,病毒必须通过这层细胞壁才能够感染细菌。一些病毒,如噬菌体,进化出了一种感染细菌的机制,将自己的基因组注入细胞内而衣壳留在细胞外,从而减少进入细菌的阻力。[80]
脱壳:然后病毒的衣壳遭到宿主细胞或病毒自己的酶降解破坏,病毒的核酸得以释放。
合成:病毒基因组完成复制、转录(除了正义RNA病毒外)以及病毒蛋白质合成。
组装:将合成的核酸和蛋白质衣壳各部分组装在一起。在病毒颗粒完成组装之后,病毒蛋白常常会发生翻译后修饰。在诸如艾滋病毒等一些病毒中,这种修饰作用(有时称为成熟过程),可以发生在病毒从宿主细胞释放之后。[81]
释放:无包膜病毒需要在细胞裂解(通过使细胞膜发生破裂的方法)之后才能得以释放。对于包膜病毒则可以通过出泡的方式得以释放。在出泡的过程中,病毒需要从插有病毒表面蛋白的细胞膜结合,获取包膜。
DNA病毒
大多数DNA病毒基因组的复制发生在细胞核内。只要细胞表面有合适的受体,这些病毒就能够通过胞吞或膜融合的方式进入细胞。多数DNA病毒完全依赖宿主细胞的DNA和RNA的合成工具以及RNA的加工工具。而病毒基因组必须穿过核膜来获得对这些工具的控制。[82][83]

RNA病毒
RNA病毒的复制过程比较独特,由于其遗传信息保存在RNA上,因此复制过程通常发生在细胞质中。根据复制方式的不同,RNA病毒可以分为4个不同的组别(见分类一节)。RNA病毒的极性(即病毒RNA能否直接用于蛋白质合成)以及RNA是单链还是双链,很大程度上决定了它的复制机制。RNA病毒是用它们自己的RNA复制酶来对基因组进行复制。[84]

反转录病毒
反转录病毒基因组的复制是采用反转录的方式来完成的,即利用RNA模板来合成DNA。遗传物质为RNA的反转录病毒以DNA为中间物来复制其基因组,而遗传物质为DNA的反转录病毒则以RNA为中间物来复制。两类病毒都需要用到反转录酶。反转录病毒常常可以将通过反转录合成的DNA整合到宿主细胞的基因组中。能够抑制反转录酶活性的抗病毒药物(如齐多夫定和拉米夫定)可以有效地对抗反转录病毒(如艾滋病毒和包括乙肝病毒在内的肝病毒科病毒)。

命名
病毒的命名并无绝对的规则,常依病毒的型态、感染对象、最初发现地点。例如感染动植物的病毒可能依感染的对象、病征来命名,例如麻疹病毒、狂犬病毒,以发现地点命名的包括埃博拉病毒。噬菌体的命名常依实验室内编号命名,例如T1噬菌体。

分类
参见:生物病毒分类表
由于病毒并不像其他生物能借由交配产生后代,因此在种别的定义上与一般生物有所不同。

ICTV分类法
国际病毒分类委员会(International Committee on Taxonomy of Viruses,简称ICTV)在1966年建立起了一个病毒分类的通用系统和统一的命名法则。其七届ICTV会议首次规范化了病毒物种的概念,即病毒分类的分支层次中的最低分类单元。[85]分类的主要依据是病毒颗粒的特性、抗原特性与生物特性。

到目前为止只有一小部分的病毒得到了研究,从来自人体的病毒样品中发现有20%的序列是未曾发现过的,而来自环境中(如海水、大洋沉积物等)的病毒样品则大部分的序列都是全新的。[86]

分类结构如下:

域 Realm (-viria)
亚域 Subrealm (-vira)
界 Kingdom (-viriae)
亚界 Subkingdom (-virites)
门 Phylum (-viricota)
亚门 Subphylum (-viricotina)
纲 Class (-viricetes)
亚纲 Subclass (-viricetidae)
目 Order (-virales)
亚目 Suborder (-virineae)
科 Family (-viridae)
亚科 Subfamily (-virinae)
属 Genus (-virus)
亚属 Subgenus (-virus)
种 Species
在最近(2016年)的ICTV分类中,8个目已经建立,分别是布尼亚病毒目(Bunyavirales)、有尾噬菌体目(Caudovirales)、疱疹病毒目(Herpesvirales)、线状病毒目(Ligamenvirales)、单股反链病毒目(Mononegavirales)、网巢病毒目(Nidovirales)、微RNA病毒目(Picornavirales)和芜菁黄花叶病毒目(Tymovirales)。分类委员会没有正式区分亚种、株系和分离株之间的区别。分类表中总共有8个目、119个科、35个亚科、725个属、4300个种以及约3000种尚未分类的病毒类型。[87][88]

巴尔的摩分类法
主条目:巴尔的摩病毒分类系统

巴尔的摩分类法是基于病毒mRNA的合成方式。
诺贝尔奖获得者生物学家戴维·巴尔的摩在1970年代提出了巴尔的摩分类系统。[29][89]巴尔的摩分类法与ICTV分类法一起用于现代病毒的分类。[90][91][92]

巴尔的摩分类法是基于病毒mRNA的生成机制。在从病毒基因组到蛋白质的过程中,必须要生成mRNA来完成蛋白质合成和基因组的复制,但每一个病毒家族都采用不同的机制来完成这一过程。病毒基因组可以是单链或双链的RNA或DNA,可以有也可以没有反转录酶。而且,单链RNA病毒可以是正义(+)或反义(-)。这一分类法将病毒分为7类:

第一类是双链DNA病毒(如腺病毒、疱疹病毒、痘病毒)
第二类是单链DNA病毒(+)DNA(如小DNA病毒)
第三类是双链RNA病毒(如呼肠孤病毒)
第四类是(+)单链RNA病毒(如微小核糖核酸病毒、披盖病毒)
第五类是(-)单链RNA病毒(如正黏液病毒、炮弹病毒)
第六类是单链RNA反转录病毒(如反转录病毒)
第七类是双链DNA反转录病毒(如肝病毒)
举一个病毒分类的例子:水痘病毒,即带状疱疹病毒,属于疱疹病毒目,疱疹病毒科,甲型疱疹病毒亚科,水疱病毒属;同时,带状疱疹病毒是巴尔的摩分类法中的第一类,因为它是双链DNA病毒,且不含有反转录酶。

病毒与人类疾病
由病毒引起的人类疾病种类繁多。已经确定的如,感冒、流感、水痘等一般疾病,以及天花、艾滋病、SARS和禽流感等严重疾病,还有一些疾病可能是以病毒为致病因子;例如:人疱疹病毒6型与一些神经性疾病,如多发性硬化症和慢性疲劳综合征之间可能相关。此外,原本认为是马类神经系统疾病的致病因子的玻那病毒,现在发现其可能足以引起人类精神疾病。[93]病毒能够导致疾病的能力称为病毒性(virulence)。

不同的病毒有着不同的致病机制,主要取决于病毒的种类。在细胞水平上,病毒主要的破坏作用是导致细胞裂解,从而引起细胞死亡。在多细胞生物中,一旦机体内有足够多的细胞死亡,就会对机体的健康产生影响。虽然病毒可以引发疾病,却也可以无害地存在于机体内。例如,能够引起冷疮的单纯疱疹病毒可以在人体内保持休眠状态;这种状态又称为“潜伏”(latency),[94]这也是所有疱疹病毒(包括能够导致腺热的艾伯斯坦-巴尔病毒和能够导致水痘的水痘-带状疱疹病毒)的特点。进入潜伏状态的水痘-带状疱疹病毒在“苏醒”后,能够引起带状疱疹。

一些病毒能够引起慢性感染,可以在机体内不断复制而不受宿主防御系统的影响。[95]这类病毒包括乙肝病毒和丙型肝炎病毒。受到慢性感染的人群即是病毒携带者,因为他们相当于储存了保持感染性的病毒。[96]当人群中有较高比例的携带者时,这一疾病就可以发展为流行病。[97]

流行病学
病毒的流行病学是现代医学中的一个分支,主要是研究基于人的病毒的传播途径和对病毒感染的控制方法。病毒的传播可以是垂直方式,如从母亲到婴儿,或者是水平方式,即从一个人到另一个人。垂直传播的例子包括乙肝病毒和艾滋病毒,婴儿一出生就会从母亲处感染病毒;[98]另一个少见的例子是水痘-带状疱疹病毒,虽然只会引起较温和的感染反应,但对于胎儿或刚出生的婴儿却是致命的。[99]水平传播是最普遍的病毒在人群中的传播方式。病毒的传播途径包括:血液交换或性行为,如艾滋病毒、乙肝和丙肝病毒;口部的唾液交换,如人类疱疹病毒第四型;含病毒的食物或饮用水,如诺罗病毒;呼吸入以气溶胶形式存在的病毒,如流感病毒;以蚊虫为载体,通过蚊虫叮咬注入人体,如登革热病毒。病毒感染的传播速率取决于多重因素:包括人口密度、易感染个体(例如缺乏对该病毒的免疫力)的数量[100]、医疗和天气条件等。[101]

流行病学研究是用于在病毒性疾病爆发时及时切断病毒在人群中的传染链。[102]防治措施是针对病毒的传播方式进行控制。发现病毒源和鉴定病毒是其中的重要环节。一旦鉴定了病毒,其传播就可以通过注射疫苗来阻断。当没有可用的疫苗时,改善环境卫生以及采取消毒措施也可以有效地防止病毒传播。通常受感染的病人需要与其他健康人群隔离开,而对有接触过病毒的人需要进行隔离检疫。[103]大多数人和动物的病毒感染具有一定的潜伏期,在这一期间,不会有患病的迹象和症状。[104]病毒性疾病的潜伏期从几天到几个星期不等,但多数病毒感染的潜伏期已经得以确定。[105]在潜伏期之后,会有一段“可传染期”,即此期间受感染的个体可以将病毒传染给其他个体。[106]对于了解可传染期和潜伏期的长短对于控制疾病的爆发也非常重要。[107]当疾病爆发导致一个人群、社区或地区中有反常的高比例患病者时,这一疾病就称为流行病;如果疾病传播到世界范围则称为瘟疫。[108]

流行病和瘟疫

重构的西班牙流感病毒
美洲原住民的人口曾经由于欧洲殖民者带来的传染性疾病,特别是天花的蔓延而大量减少。没有详细的数据显示在哥伦布到达美洲之后有多少原住民死于外来的疾病,但估计接近总人口的70%。这一破坏性影响很大程度上推动了欧洲殖民者对原住民进行驱赶和征服。这在当时对美洲原住民带来了极大的恐惧。[109][110][111][112][113][114][115]

瘟疫是世界范围内的流行病。1918年的流感大爆发,即通常所说的西班牙流感,就是一种级别最高(第五级)的大规模流行病,是由一种特殊的严重致死性流感A型病毒;这一流感的感染者通常是健康的青壮年,而其他大多数流感则多发生在青少年、老人或体弱多病者中。[116]西班牙流感持续时间从1918年到1919年,过去估计死亡人数在4千万到5千万人,[117]而最新的研究结果显示这一瘟疫可能导致一亿人死亡,死亡人口占1918年全球总人口的5%。[118]

上至下:埃博拉病毒及马尔堡病毒
多数研究者相信艾滋病来源于二十世纪的撒哈拉以南非洲地区;[119]现在,艾滋病已经发展成为瘟疫,全球大约有3.86千万人感染了艾滋病。[120]联合国艾滋病规划署(UNAIDS)和世界卫生组织(WHO)估计自1981年6月5日发现首个病例至今,已有超过两千五百万人死于艾滋病,这使得艾滋病成为有史以来最具伤害性的瘟疫之一。[121]2007年全年总共有2.7百万新的艾滋病感染者和2百万艾滋病相关的死亡案例。[122]

数种高致死性病毒菌株是丝状病毒科成员。丝状病毒是一类纤维状的病毒,可以引起病毒性出血热,其成员包括埃博拉病毒和马尔堡病毒。马尔堡病毒引起全世界的广泛注意是在2005年4月,安哥拉发生的一次疾病爆发。这次爆发从2004年10月一直持续到2005年。[123]埃博拉出血热则首度出现于1976年,后造成间歇性爆发及高致死率。最近且最严重的一次爆发,为西非埃博拉病毒疫症。[124]

癌症
更多信息:肿瘤病毒
病毒是导致癌症发生的原因之一。与人类癌症相关的主要病毒有人类乳突病毒、乙肝病毒、艾伯斯坦-巴尔病毒和人类嗜T淋巴细胞病毒(human T-lymphotropic virus)。肝炎病毒可以诱发慢性病毒感染从而导致肝癌。[125][126]人类嗜T淋巴细胞病毒可以导致热带痉挛性瘫痪(tropical spastic paraparesis)和成人T细胞白血病。[127]人类乳突病毒是子宫颈癌、皮肤癌、肝门癌和阴茎癌的成因。[128]在疱疹病毒科中,卡波西肉瘤相关疱疹病毒(Kaposi’s sarcoma-associated herpesvirus)能够导致卡波西氏肉瘤(Kaposi’s sarcoma)和体腔淋巴瘤(body cavity lymphoma),而艾伯斯坦-巴尔病毒可以导致伯奇氏淋巴瘤(Burkitt’s lymphoma)、霍奇金淋巴瘤(Hodgkin’s lymphoma)、B淋巴扩增紊乱(B lymphoproliferative disorder)和鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma)。[129]

宿主防御机制
参见:免疫系统

两个轮状病毒:右侧的病毒表面结合了抗体,阻止其黏附到细胞表面,从而抑制了病毒感染。
人体抵御病毒的第一道防线是先天性免疫系统。这一免疫系统由能够抵御非特异性病毒感染的细胞和其他机制组成,即以一种通用方式来对入侵的病原体做出识别和反应,但不同于获得性免疫系统,这一免疫系统并不产生持久的或保护性的免疫。[130]

RNA干扰是对抗病毒的一种重要的先天性防御机制。[131]许多病毒需要合成双链RNA来进行复制。当这些病毒感染细胞时,它们会释放出其RNA分子,这些RNA分子立即与一种称为Dicer酶的蛋白质复合物结合,随后Dicer酶将这些RNA切为多个小的片段。一种称为RISC复合物的生化途径受到激活,开始降解病毒mRNA,使得细胞能够从病毒感染中存活下来。轮状病毒可以逃过这层防御,一方面它进入细胞后并不完全脱壳,另一方面它可以通过病毒颗粒内衣壳上的孔洞来释放新合成的mRNA,这样其病毒基因组(为双链RNA)依然保护在病毒体内部而不会受到破坏。[132][133]

当人体的获得性免疫系统探测到病毒时,会产生特异性的抗体来与病毒结合并使其失去感染性,这种作用称为体液免疫。其中,有两类抗体非常重要。第一类称为IgM(免疫球蛋白M),它能高效地使病毒失去活性,但免疫系统的细胞产生IgM的时间只有几个星期。第二类称为IgG(免疫球蛋白G),它能够透过免疫系统不停地制造出来。IgM存在于宿主的血液中是用于急性感染的情况,而IgG的存在则表明过去曾经受到某种感染(用于防御以后的同类感染)。[134]进行免疫性测试时,通常是对体内的IgG型抗体进行测量。[135]

人体对抗病毒的第二道防线是细胞免疫(cell-mediated immunity),包括了称为T细胞的免疫细胞。人体中的细胞不断地将其内部蛋白质的片断展示在细胞表面(抗原呈递)供T细胞来进行检查,一旦T细胞识别出可能的病毒片断,那么对应的细胞就会由T杀手细胞和病毒特异性T细胞扩增所消灭。诸如巨噬细胞在内的一些细胞专门负责抗原呈递。[136]制造干扰素是一种重要的宿主防御机制。干扰素是病毒感染之后由机体所产生的一种激素,它在免疫中的作用较为复杂,可以确定的是它能够通过杀死受感染细胞及其邻近细胞来逐步阻止病毒的复制。[137]

并非所有的病毒感染都会引起保护性免疫反应。例如,艾滋病毒可以通过不断地变换其病毒体表面蛋白的氨基酸序列来逃避免疫系统的打击。这些顽固的病毒采用多种方式来逃脱免疫系统的控制,如隔离、阻断抗原呈递、产生细胞因子抗性、逃避自然杀伤细胞的作用、逃脱细胞凋亡以及抗原转移。[138]其他一些病毒,如向神经病毒(neurotropic virus),可以通过神经来传播,而在神经系统中免疫系统可能无法接触到它们。

预防与治疗
因为病毒使用了宿主细胞来进行复制并且寄居其内,因此很难用不破坏细胞的方法来杀灭病毒。现在最积极的对付病毒疾病的方法是疫苗接种来预防病毒感染或者使用抗病毒药物来降低病毒的活性以达到治疗的目的。

疫苗
更多信息:疫苗接种
疫苗接种是一种廉价而又有效的防止病毒感染的方法。早在发现病毒之前,疫苗就已经为人们用于预防病毒感染。随着疫苗接种的普及,病毒感染相关的一些疾病(如小儿麻痹、痳疹、腮腺炎和风疹)的发病率和死亡率都大幅度下降,[139]而曾经是致命疾病的天花已经绝迹。[140]目前各类疫苗可以预防超过30种对人体的病毒感染,[141]而有更多的疫苗用于防止动物受到的病毒感染。[142]疫苗的成分可以是活性降低的或死亡的病毒,也可以是病毒蛋白质(抗原)。[143]活疫苗包含了活性减弱的可致病的病毒,这样的病毒称为“减毒”病毒。虽然活性减弱,但活疫苗对于那些免疫力较弱或免疫缺陷的人可能是危险的,对他们注射活疫苗可能反而会导致疾病。[144]生物技术和基因工程用于改造病毒疫苗,改造后的疫苗(即亚单位疫苗)只含有病毒的衣壳蛋白,如乙肝疫苗。[145]由于不含有病毒核酸,因此亚单位疫苗对于免疫缺陷的病人是安全的。[146] 对于活疫苗的安全性也有一些例外,如黄热病毒疫苗,虽然是一种减毒病毒株(称为17D),却可能是目前所有疫苗中最安全和最有效的。[147]

抗病毒药物
更多信息:抗病毒药物

鸟苷

鸟苷的类似物阿昔洛韦(Aciclovir)
在过去的二十年间,抗病毒药物的发展非常迅速。艾滋病的不断蔓延推动了对抗病毒药物的需求。抗病毒药物常是核苷类似物,当病毒复制时如果将这些类似物当作核苷用于合成其基因组就会产生没有活性的病毒基因组(因为这些类似物缺少与磷相连能够相互连接形成DNA“骨架”的羟基,会造成DNA的链终止),从而抑制病毒的增殖。[148]核苷类似物作为抗病毒药物的例子包括阿昔洛韦,可用于抑制单纯疱疹病毒感染,和拉米夫定,可用于治疗艾滋病和乙型肝炎。阿昔洛韦是最早出现也是最经常指定使用的抗病毒药物。[149] 其他使用中的抗病毒药物是针对病毒生活周期的不同阶段。艾滋病毒需要依赖一种称为HIV-1蛋白酶的作用来获得完整的感染能力;而通过使用大量的蛋白酶抑制剂类的药物可以使这种酶失活。

丙型肝炎是由一种RNA病毒引起的。80%的受感染者都会形成慢性肝炎,如果不加以治疗,受感染者会一直保持感染的状态。之前有效的治疗方法是将核苷类似物利巴韦林与干扰素一起使用。现在最有效的治疗方法是直接作用于丙肝病毒蛋白酶、RNA聚合酶等病毒复制重要环节小分子药物(DAAs)[150]对于慢性乙型肝炎的病毒携带者的治疗方法也采用类似的策略。[151]

其他物种中的病毒感染
病毒可以感染所有的物种,少数病毒(如mimivirus)甚至也会受到其他特定病毒的感染[152];但特定的病毒感染物种的范围是有限的。[153]例如,植物病毒不会感染动物,而噬菌体只能感染细菌。

动物
主条目:动物病毒学
对家畜来说,病毒是重要的致病因子;能够导致的疾病包括口蹄疫、蓝舌病等。[154]作为人类宠物的猫、狗、马等,如果没有接种疫苗,会感染一些致命病毒。例如犬小病毒(Canine parvovirus),一种小DNA病毒,其感染是导致幼犬死亡的重要原因。[155]所有的无脊椎动物都会感染病毒。例如蜜蜂会受到多种病毒的感染。[156]幸运的是,大多数病毒能够与宿主和平相处而不引起任何损害,也不导致任何疾病。[13]

植物
主条目:植物病理学

辣椒受到轻斑驳病毒的感染。
植物病毒的种类繁多,能够影响受感染植物的生长和繁殖。植物病毒的传播常常是由称为“载体”的生物来完成。这些载体一般为昆虫,也有部分情况下为真菌、线虫动物以及一些单细胞生物。控制针对植物的病毒感染,通常是采用消灭载体生物以及除去其他可能的病毒宿主,如杂草。[157]对于人类及其他动物来说,植物病毒是无害的,因为它们只能够在活的植物细胞内进行复制。[158]

植物具备精巧而有效的防御机制来抵抗病毒感染。其中,最为有效的机制是“抵抗基因”(R基因)。每个R基因能够抵抗一种特定病毒,主要是通过触发受感染细胞的附近细胞的死亡而产生肉眼可见的空点,从而阻止感染的扩散。[159]植物中的RNA干扰也是一种有效的防御机制。[160]当受到感染,植物常常就能够产生天然消毒剂(如水杨酸、一氧化氮和活性氧分子)来杀灭病毒。[161]

细菌
主条目:噬菌体

电镜照片显示了多个噬菌体附着在一个细菌的细胞壁表面。
噬菌体是病毒中最为普遍和分布最广的群体。例如,噬菌体是水体中最普遍的生物个体,在海洋中其数量可达细菌数量的十多倍,[162]1毫升的海水中可含有约2亿5千万个噬菌体。[163]噬菌体是通过结合细菌表面的受体来感染特定的细菌。在进入细菌后的很短的时间内,有时仅仅为几分钟,细菌的聚合酶就开始将病毒mRNA翻译为蛋白质。这些病毒蛋白质有些在细菌细胞内组装成新的病毒体,有些为辅助蛋白可以帮助病毒体的组装,有些则参与细胞裂解(病毒可以产生一些酶来帮助裂解细胞膜)。噬菌体的整个感染过程非常迅速;以T4噬菌体为例,从注入病毒核酸到释放出超过300个新合成的病毒,所需的时间仅为20多分钟。[164]

细菌防御噬菌体的主要方法是合成能够降解外来DNA的酶。这些酶称为限制性内切酶,它们能够剪切噬菌体注入细菌细胞的病毒DNA。[165]细菌还含有另一个防御系统,这一系统利用CRISPR序列来保留其过去曾经遇到过的病毒的基因组片断,从而使得它们能够通过RNA干扰的方式来阻断病毒的复制。[166][167]这种遗传系统为细菌提供了一个类似于获得性免疫的机制来对抗病毒感染。

古菌
古菌也会受到一些病毒感染,主要是双链DNA病毒。这些病毒明显与其他病毒无相关性,它们具有多种特别的外形,如瓶状、钩杆状或泪滴状。[168]在嗜热古菌,特别是硫化叶菌(Sulfolobales)和热变形菌(Thermoproteales)中的这类病毒已经获得了细致的研究。[169]古菌的病毒防御体系可能包括了RNA干扰(利用古菌基因组中所含的与病毒基因相关的重复DNA序列来进行)。[170][171]

应用
生命科学与医学
病毒对于分子生物学和细胞生物学的研究具有重要意义,因为它们提供了能够用于改造和研究细胞功能的简单系统。[172]研究和利用病毒为细胞生物学的各方面研究提供了大量有价值的信息。[173]例如,病毒在遗传学研究中的使用可用于协助人们了解分子遗传学的基本机制,包括DNA复制、转录、RNA加工、翻译、蛋白质转运以及免疫学等。

遗传学家常常用病毒作为载体将需要研究的特定基因引入细胞。这一方法对于细胞生产外源蛋白质,或是研究引入的新基因对于细胞的影响,都是非常有用的。病毒治疗法(virotherapy)也采用类似的策略,即利用病毒作为载体引入基因来治疗各种遗传性疾病,好处是可以定靶于特定的细胞和DNA。这一方法在癌症治疗和基因治疗中的应用前景广阔。一些科学家已经利用噬菌体来作为抗生素的替代品,由于一些病菌的抗生素抗性的加强,人们对于这一替代方法的兴趣也不断增长。[174]

材料科学与纳米技术
目前纳米技术的发展趋势是制造多用途的病毒。从材料科学的观点来看,病毒可以视同有机纳米颗粒:它们的表面携带特定的工具用于穿过宿主细胞的壁垒。病毒的大小和形状,以及它们表面的功能基团的数量和性质,是经过精确地定义的。正因为如此,病毒在材料科学中普遍用作支架来共价连接表面修饰。病毒的一个特点是它们能够通过直接进化来改动。从生命科学发展而来的这些强大技术正在成为纳米材料制造方法的基础,远远超越了它们在生物学和医学中的应用而用于更加广泛的领域中。[175]

由于具有合适的大小、形状和明确的化学结构,病毒在纳米量级上的组织材料作为模板使用。最近的一个应用例子是利用豇豆花叶病毒颗粒来放大DNA微阵列上感应器的信号;在该应用中,病毒颗粒将用于显示信号的荧光染料分离开,从而阻止能够导致荧光淬灭的非荧光二聚体的形成。[176]另一个例子是利用豇豆花叶病毒作为纳米量级的分子电器的面板。[177]在实验室中,病毒还可以用于制造可充电电池。[178]

武器
更多信息:生化武器
病毒能够引起瘟疫而导致人类社会的恐慌,这种能力使得一些人企图利用病毒作为生化武器来达到常规武器所不能获得的效果。而随着臭名昭著的西班牙流感病毒在实验室中获得成功复原,对于病毒成为武器的担心不断增加。[179]另一个可能成为武器的病毒是天花病毒。天花病毒在绝迹之前曾经引起无数次的社会恐慌。目前天花病毒存在于世界上的数个安全实验室中,对于其可能成为生化武器的恐惧并非是毫无理由的。天花病毒疫苗是不安全的,在天花绝迹前,由于注射天花疫苗而患病的人数比一般患病的人数还要多,[180]而且天花疫苗目前也不再广泛生产。[181]因此,在存在如此多对于天花没有免疫力的现代人的情况下,一旦天花病毒被释放出来,在病毒得到控制之前,将会有无数人患病死去。

分类
生物

球杆菌

球杆菌(英语:coccobacillus 複數時:coccobacilli)是一种形状介于球菌、杆菌之间的微生物[1]。它的形状是非常短的杆形,因而常常被误认为球菌。流感嗜血杆菌,阴道加德纳菌和沙眼衣原体均为球杆菌。Aggregatibacter actinomycetemcomitans菌是一种普遍存于牙龈菌斑上的革兰氏阴性菌,它也是球杆菌的一员。同属球杆菌的不动杆菌菌株可在固体培养基上生长。可诱发百日咳的百日咳杆菌同样是球杆菌[2]。在医学上具有重要地位、能诱发布氏杆菌病的布氏杆菌,以及同样在医学上具有重要地位、在第三世界国家常见的能诱发软下疳的、属于革兰氏阴性菌的杜克雷嗜血杆菌也是球杆菌家族的一员[3]。

 

病原菌
细菌疾病 · 科莱毒素 · 外毒素 · 溶原化循环 · 病原细菌

人类菌群
肠道菌群 · 皮肤菌群 · 阴道菌群

底物偏好
嗜油 · 嗜糖
氧气偏好
好氧(专性需氧) · 微需氧 · 厌氧(兼性厌氧、专性厌氧) · 纳需氧 · 耐氧
结构
细胞包膜
细胞膜
细胞壁:肽聚糖(NAM、NAG、DAP)

仅存在于革兰氏阳性菌中:磷壁酸 · 脂磷壁酸 · 内生孢子

仅存在于革兰氏阴性菌中:细菌外膜(孔道蛋白、脂多糖) · 周质空间

仅存在于分枝杆菌中:阿拉伯半乳聚糖 · 分枝菌酸
外部包膜
荚膜 · 黏液层 · S层 · 糖萼 · 性菌毛 · 菌毛
混合包膜
生物薄膜
形态
细菌形态分类L型细菌球菌 双球菌杆菌球杆菌螺旋菌
医学导航:病菌

细菌(分类)

gr+f/gr+a(t)/gr-p(c/gr-o

药物(J1p、w、n、m、疫苗)

分类
生物

微生物分类表

微生物分类表

对微生物分类学上没有一致的看法,大体上形体微小的生物属于微生物,有的属于原核生物,有的属于真核生物,有被分入植物或动物范畴内的。

病毒
原核生物
细菌(有将其分入植物类)
支原体(有将其分入细菌类)
螺旋体(有将其分入细菌类)
放线菌(有将其分入细菌类)
粘菌(有将其分入动物类)
立克次氏体
真核生物
霉菌(有将其分入真菌类)
酵母菌(有将其分入真菌类)